Poslední sultán malacké dynastie, sultán Mahmud Shah II., byl známý svým nevyzpytatelným chováním, které zůstalo po smrti Bendehary Habiba a následném jmenování Bendahary Abdula Jalila z velké části bez kontroly.Toto chování vyvrcholilo tím, že sultán nařídil popravu těhotné manželky šlechtice za menší přestupek.Jako odplatu byl sultán zabit poškozeným šlechticem a trůn zůstal prázdný v roce 1699. Orang Kayas, poradci sultána, se obrátili na Sa Akar DiRaja, Raja Temenggong z Muar, který navrhl, aby trůn zdědil Bendahara Abdul Jalil.Posloupnost se však setkala s určitou nespokojeností, zejména ze strany Orang Laut.Během tohoto období nestability viděly dvě dominantní skupiny v Johoru – Bugisové a Minangkabauové – příležitost k moci.Minangkabau představil Raju Kecila, prince, který se prohlašoval za posmrtného syna sultána Mahmuda II.S příslibem bohatství a moci Bugis zpočátku podporovali Raju Kecila.Raja Kecil je však zradil a bez jejich souhlasu se korunoval sultánem z Johoru, což způsobilo, že předchozí sultán Abdul Jalil IV utekl a nakonec byl zavražděn.V odvetě se Bugisové spojili s Rajou Sulaimanem, synem sultána Abdula Jalila IV., což vedlo k sesazení Rajy Kecil z trůnu v roce 1722. Zatímco Raja Sulaiman vystoupil jako sultán, stal se silně ovlivněn Bugis, kteří ve skutečnosti vládli Johoru.Během vlády sultána Sulaimana Badrul Alam Shaha v polovině 18. století měli Bugisové významnou kontrolu nad Johorovou správou.Jejich vliv vzrostl tak výrazně, že do roku 1760 se různé rodiny Bugisů provdaly do královského rodu Johor, čímž dále upevnily svou nadvládu.Pod jejich vedením zažil Johor ekonomický růst podpořený integrací čínských obchodníků.Koncem 18. století však Engkau Muda z frakce Temenggong začal znovu získávat moc a položil základy budoucí prosperity sultanátu pod vedením Temenggong Abdul Rahmana a jeho potomků.