Na konci 11. století převzala kontrolu nad Irákem dynastie Khwarazmů.Toto období turkické světské vlády a Abbásovského chalífátu skončilo mongolskými nájezdy ve 13. století.^[51] Mongolové vedení Čingischánem dobyli Chwarezmii do roku 1221. Irák však zažil dočasný odklad kvůli Čingischánově smrti v roce 1227 a následným mocenským bojům v rámci Mongolské říše.Möngke Khan od roku 1251 znovu podnítil mongolskou expanzi, a když chalífa al-Mustasim odmítl mongolské požadavky, Bagdád čelil v roce 1258 obležení vedeném Hulagu Khanem.Obléhání Bagdádu, klíčová událost v mongolských výbojích, trvalo 13 dní od 29. ledna do 10. února 1258. Ilkhanátské mongolské síly spolu se svými spojenci oblehly, dobyly a nakonec vydrancovaly Bagdád, tehdejší hlavní město abbásovského chalífátu. .Toto obléhání vyústilo v masakr většiny obyvatel města, potenciálně čítající statisíce.Rozsah destrukce městských knihoven a jejich cenného obsahu zůstává předmětem debat mezi historiky.Mongolské síly popravily Al-Musta'sima a způsobily těžké vylidnění a zpustošení Bagdádu.Toto obléhání symbolicky znamenalo konec islámského zlatého věku, období, během kterého chalífové rozšířili svou nadvládu od Pyrenejského poloostrova až po Sindh.