Kennedyho administrativa pokračovala v hledání způsobů, jak svrhnout Castra po invazi v Zátoce sviní, experimentovala s různými způsoby, jak skrytě usnadnit svržení kubánské vlády.Značné naděje byly vkládány do programu teroristických útoků a dalších destabilizačních operací známých jako operace Mongoose, vymyšleného za Kennedyho administrativy v roce 1961. Chruščov se o projektu dozvěděl v únoru 1962 a v reakci na to byly podniknuty přípravy na instalaci sovětských jaderných střel na Kubě.Kennedy, znepokojený, zvažoval různé reakce.Na instalaci jaderných raket na Kubě nakonec reagoval námořní blokádou a Sovětskému svazu předložil ultimátum.Chruščov ustoupil z konfrontace a Sovětský svaz odstranil rakety výměnou za veřejný americký slib, že znovu nenapadne Kubu, stejně jako tajnou dohodu o odstranění amerických raket z Turecka.Castro později přiznal, že "bych souhlasil s použitím jaderných zbraní... považovali jsme za samozřejmé, že se z toho stejně stane jaderná válka a že zmizíme."Kubánská raketová krize (říjen–listopad 1962) přiblížila svět jaderné válce než kdykoli předtím.Následky krize vedly k prvním snahám v závodech v jaderném zbrojení o jaderné odzbrojení a zlepšení vztahů, ačkoli první dohoda o kontrole zbrojení z dob studené války, Smlouva o Antarktidě, vstoupila v platnost v roce 1961.V roce 1964 se ho kremelským kolegům Chruščova podařilo sesadit, ale umožnili mu klidný důchod.John Lewis Gaddis, obviněný z hrubosti a nekompetentnosti, tvrdí, že Chruščov se také zasloužil o zničení sovětského zemědělství, přivedl svět na pokraj jaderné války a že Chruščov se stal „mezinárodní ostudou“, když povolil stavbu Berlínské zdi.