V lednu 1863 trpěla armáda Potomac po bitvě u Fredericksburgu a ponižujícím Mud March rostoucími dezercemi a klesající morálkou.Lincoln to zkusil popáté s novým generálem 25. ledna 1863 — mjr.Gen. Joseph Hooker, muž s bojovnou pověstí, který si vedl dobře v předchozích podřízených velitelstvích.^[56]Hooker se pustil do tolik potřebné reorganizace armády, čímž odstranil Burnsideův velký divizní systém, který se ukázal jako nepraktický;také už neměl po ruce dostatek vyšších důstojníků, kterým by mohl důvěřovat, aby veleli operacím více sborů.^[57] Organizoval kavalérii do samostatného sboru pod velením brig.Generál George Stoneman.Ale zatímco soustředil kavalérii do jediné organizace, rozptýlil své dělostřelecké prapory pod kontrolu velitelů pěších divizí, čímž odstranil koordinační vliv velitele dělostřelectva armády brig.Gen. Henry J. Hunt.Mezi jeho změny patřily opravy každodenní stravy vojáků, hygienické změny v táboře, vylepšení a odpovědnost systému ubytovatelů, přidání a sledování kuchařů v podniku, několik reforem nemocnic, vylepšený systém dovolených, příkazy k zastavení rostoucí dezerce, lepší cvičení. a silnější výcvik důstojníků.Obě armády stály proti sobě u Fredericksburgu během zimy 1862-1863.Kampaň Chancellorsville začala, když Hooker tajně přesunul většinu své armády nahoru na levý břeh řeky Rappahannock, pak ji ráno 27. dubna 1863 překročil. Unijní kavalérie pod vedením generálmajora George Stonemana zahájila nájezd na dlouhou vzdálenost proti Leeovy zásobovací linky přibližně ve stejnou dobu.Federální pěchota, která překročila řeku Rapidan přes Germannu a Ely's Fords, se 30. dubna soustředila poblíž Chancellorsville. V kombinaci s unijními silami stojícími před Fredericksburgem plánoval Hooker dvojité obklíčení a zaútočil na Leeho zepředu i zezadu.1. května postupoval Hooker z Chancellorsville směrem k Lee, ale generál Konfederace rozdělil svou armádu tváří v tvář přesile a ponechal malou sílu ve Fredericksburgu, aby odradil generálmajora Johna Sedgwicka od postupu, zatímco na Hookerův postup zaútočil asi čtyřmi. - pětiny jeho armády.Navzdory námitkám svých podřízených stáhl Hooker své muže do obranných linií kolem Chancellorsville a postoupil iniciativu Leemu.2. května Lee znovu rozdělil svou armádu a poslal celý Stonewall Jacksonův sbor na doprovodný pochod, který rozdrtil Union XI Corps.Nejzuřivější boje bitvy – a druhý nejkrvavější den občanské války – se odehrály 3. května, když Lee zahájil několik útoků proti pozici Unie v Chancellorsville, což mělo za následek těžké ztráty na obou stranách a stažení Hookerovy hlavní armády.Téhož dne Sedgwick postoupil přes řeku Rappahannock, porazil malé síly Konfederace u Marye's Heights ve druhé bitvě u Fredericksburgu a poté se přesunul na západ.Konfederace bojovala proti úspěšné zdržovací akci v bitvě u kostela Salem.4. se Lee otočil zády k Hookerovi a zaútočil na Sedgwicka a zahnal ho zpět k Banksovu Fordu a obklopil je ze tří stran.Sedgwick se stáhl přes brod brzy 5. května. Lee se otočil, aby čelil Hookerovi, který v noci z 5. na 6. května stáhl zbytek své armády přes americký Ford.Chancellorsville je známý jako Leeova „dokonalá bitva“ ^[58] , protože jeho riskantní rozhodnutí rozdělit svou armádu v přítomnosti mnohem větší nepřátelské síly vedlo k významnému vítězství Konfederace.Vítězství, produkt Leeovy odvahy a Hookerova nesmělého rozhodování, bylo zmírněno těžkými ztrátami, včetně generálporučíka Thomase J. "Stonewall" Jacksona.Jackson byl zasažen přátelskou palbou, která vyžadovala amputaci levé paže.O osm dní později zemřel na zápal plic, ztrátu, kterou Lee přirovnal ke ztrátě pravé paže.