এশিয়ান জেনেটিক্সের একটি সমীক্ষা পরামর্শ দেয় যে পূর্ব এশিয়ার আদি মানুষ দক্ষিণ-পূর্ব এশিয়া থেকে এসেছে।^[১৪] উপদ্বীপের আদিবাসী গোষ্ঠীগুলিকে তিনটি জাতিতে বিভক্ত করা যেতে পারে: নেগ্রিটোস, সেনোই এবং প্রোটো-মালয়।^[১৫] মালয় উপদ্বীপের প্রথম বাসিন্দারা সম্ভবত নেগ্রিটোস।^[১৬] এই মেসোলিথিক শিকারীরা সম্ভবত সেমাং, একটি জাতিগত নেগ্রিটো গোষ্ঠীর পূর্বপুরুষ।^[১৭] সেনোই একটি যৌগিক গোষ্ঠী বলে মনে হয়, যেখানে মাতৃ মাইটোকন্ড্রিয়াল ডিএনএ বংশের প্রায় অর্ধেক সেমাং-এর পূর্বপুরুষদের কাছে এবং প্রায় অর্ধেক থেকে পরবর্তীতে ইন্দোচীন থেকে পূর্বপুরুষদের স্থানান্তরিত হয়।পণ্ডিতরা পরামর্শ দেন যে তারা প্রাথমিক অস্ট্রোএশিয়াটিক-ভাষী কৃষিবিদদের বংশধর, যারা প্রায় 4,000 বছর আগে তাদের ভাষা এবং প্রযুক্তি উভয়ই উপদ্বীপের দক্ষিণ অংশে নিয়ে এসেছিল।তারা আদিবাসী জনগোষ্ঠীর সাথে ঐক্যবদ্ধ এবং একত্রিত হয়েছিল।^[১৮] প্রোটো মালয়দের একটি আরও বৈচিত্র্যময় উত্স রয়েছে ^[১৯] এবং অস্ট্রোনেশিয়ান সম্প্রসারণের ফলে খ্রিস্টপূর্ব 1000 নাগাদ মালয়েশিয়ায় বসতি স্থাপন করেছিল।^[২০] যদিও তারা সামুদ্রিক দক্ষিণ-পূর্ব এশিয়ার অন্যান্য বাসিন্দাদের সাথে কিছু সংযোগ দেখায়, তবে প্রায় ২০,০০০ বছর আগে শেষ হিমবাহের সময়কালে ইন্দোচীনে তাদের পূর্বপুরুষও রয়েছে।বর্তমানে মালয়েশিয়া যা সমন্বিত এলাকাগুলি মেরিটাইম জেড রোডে অংশ নিয়েছে৷2000 BCE থেকে 1000 CE এর মধ্যে ট্রেডিং নেটওয়ার্কটি 3,000 বছর ধরে বিদ্যমান ছিল।^[২১]নৃতাত্ত্বিকরা এই ধারণাটিকে সমর্থন করেন যে প্রোটো-মালয়দের উদ্ভব হয়েছিল আজকের ইউনান,চীন থেকে।^[২২] এর পরে মালয় উপদ্বীপের মধ্য দিয়ে মালয় দ্বীপপুঞ্জে একটি প্রাথমিক-হলোসিন ছড়িয়ে পড়ে।^[২৩] খ্রিস্টপূর্ব ৩০০ খ্রিস্টপূর্বাব্দে, ডিউটেরো-মালয়রা তাদের অভ্যন্তরীণ দিকে ঠেলে দিয়েছিল, একটি লৌহ যুগ বা ব্রোঞ্জ যুগের লোকেরা আংশিকভাবে কম্বোডিয়া এবং ভিয়েতনামের চামস থেকে এসেছে।উপদ্বীপের প্রথম দল যারা ধাতব সরঞ্জাম ব্যবহার করে, ডিউটেরো-মালয়রা ছিল আজকের মালয়েশিয়ান মালয়দের সরাসরি পূর্বপুরুষ এবং তাদের সাথে উন্নত চাষের কৌশল নিয়ে এসেছিল।^[১৭] মালয়রা মালয় দ্বীপপুঞ্জ জুড়ে রাজনৈতিকভাবে বিভক্ত ছিল, যদিও একটি সাধারণ সংস্কৃতি এবং সামাজিক কাঠামো ভাগ করা হয়েছিল।^[২৪]