Дейвид Маршал стана първият главен министър на Сингапур, ръководейки нестабилно правителство, изправено пред социални вълнения, илюстрирани от събития като бунтовете в автобуса Хок Лий.През 1956 г. той води преговори в Лондон за пълно самоуправление, но преговорите се провалят поради опасения за британската сигурност, което води до неговата оставка.Неговият наследник, Лим Ю Хок, зае твърда позиция срещу комунистическите и левите групи, проправяйки пътя за британците да предоставят на Сингапур пълно вътрешно самоуправление през 1958 г.На изборите през 1959 г. Партията на народното действие (PAP), водена от Лий Куан Ю, излиза победител и Лий става първият министър-председател на Сингапур.Неговото правителство беше изправено пред първоначален скептицизъм поради прокомунистическата фракция на партията, което доведе до преместване на бизнеса в Куала Лумпур.Въпреки това, под ръководството на Лий, Сингапур отбеляза икономически растеж, образователни реформи и агресивна програма за държавни жилища.Правителството също така предприе мерки за ограничаване на трудовите вълнения и насърчаване на английския език.Въпреки тези постижения, лидерите на PAP вярваха, че бъдещето на Сингапур е със сливане с Малая .Идеята беше изпълнена с предизвикателства, по-специално съпротивата от страна на прокомунистите в PAP и опасенията на Обединената малайска национална организация на Малая относно баланса на расовата власт.Въпреки това, перспективата за комунистическо поглъщане на Сингапур промени настроенията в полза на сливането.През 1961 г. министър-председателят на Малая, Тунку Абдул Рахман, предложи Федерация на Малайзия, която да включва Малая, Сингапур, Бруней, Северно Борнео и Саравак.Последващият референдум в Сингапур през 1962 г. показа силна подкрепа за сливането при специфични условия на автономия.