През 1958 г. парламентарната система на Пакистан приключи с налагането на военно положение.Общественото разочарование от корупцията в гражданската бюрокрация и администрация доведе до подкрепа за действията на генерал Аюб Хан.^[16] Военното правителство предприе значителни поземлени реформи и наложи Заповедта за дисквалификация на избираемите органи, забранявайки на Х. С. Сухраварди да има публична длъжност.Хан въведе „Основна демокрация“, нова президентска система, при която електорална колегия от 80 000 избира президента, и обнародва конституцията от 1962 г.^[17] През 1960 г. Аюб Хан печели обществена подкрепа на национален референдум, преминавайки от военно към конституционно гражданско правителство.^[16]Значимите събития по време на президентството на Аюб Хан включват преместване на инфраструктурата на столицата от Карачи в Исламабад.Тази ера, известна като „Великото десетилетие“, се слави със своето икономическо развитие и културни промени ^[18] , включително възхода на поп музиката, филмовата и драматичната индустрия.Аюб Хан обедини Пакистан със Съединените щати и западния свят, присъединявайки се към Организацията на Централния договор (CENTO) и Организацията на Договора за Югоизточна Азия (SEATO).Частният сектор се разрасна и страната направи крачки в образованието, човешкото развитие и науката, включително стартирането на космическа програма и продължаването на програмата за ядрена енергия.^[18]Инцидентът с шпионския самолет U2 през 1960 г. обаче разкрива тайните операции на САЩ от Пакистан, застрашавайки националната сигурност.Същата година Пакистан подписа Договора за водите на Инд с Индия за нормализиране на отношенията.^[19] Отношенията с Китай се засилиха, особено след китайско-индийската война, което доведе до гранично споразумение през 1963 г., което измести динамиката на Студената война .През 1964 г. пакистанските въоръжени сили потушиха предполагаем прокомунистически бунт в Западен Пакистан, а през 1965 г. Аюб Хан спечели с малко противоречивите президентски избори срещу Фатима Джина.