По време на окупацията етническото напрежение беше повишено и национализмът нарасна.^[82] Великобритания фалира и новото лейбъристко правителство искаше да изтегли силите си от Изтока.Но повечето малайци бяха по-загрижени да се защитават срещу MCP, отколкото да изискват независимост от британците.През 1944 г. британците изготвят планове за Малайски съюз, който ще превърне федеративните и нефедеративните малайски щати, плюс Пенанг и Малака (но не и Сингапур ), в една колония на Короната с оглед към независимост.Този ход, насочен към евентуална независимост, беше посрещнат със значителна съпротива от малайците, главно поради предложеното равно гражданство за етнически китайци и други малцинства.Британците възприемаха тези групи като по-лоялни по време на войната от малайците.Тази опозиция доведе до разпадането на Малайския съюз през 1948 г., отстъпвайки място на Федерацията на Малая, която поддържаше автономията на малайските държавни управници под британска защита.Успоредно с тези политически промени Комунистическата партия на Малая (MCP), подкрепяна основно от етническите китайци, набира скорост.MCP, първоначално легална партия, се е насочила към партизанска война с аспирации за изгонване на британците от Малая.До юли 1948 г. британското правителство обявява извънредно положение, което кара MCP да се оттегли в джунглата и да формира Малайската народна освободителна армия.Основните причини за този конфликт варираха от конституционни промени, които маргинализираха етническите китайци до изселването на селяните за развитие на плантации.MCP обаче получи минимална подкрепа от глобалните комунистически сили.Малайското извънредно положение, продължило от 1948 до 1960 г., видя британците да използват модерни тактики за борба с бунтовниците, ръководени от генерал-лейтенант сър Джералд Темплър, срещу MCP.Докато конфликтът видя своя дял от жестокости, като клането в Батанг Кали, британската стратегия за изолиране на MCP от нейната подкрепяща база, съчетана с икономически и политически отстъпки, постепенно отслаби бунтовниците.До средата на 50-те години вълната се обърна срещу MCP, поставяйки началото на независимостта на Федерацията в рамките на Британската общност на 31 август 1957 г., с Тунку Абдул Рахман като неин встъпителен министър-председател.