Френската експедиция в Египет , привидно за подкрепа на Османската порта и потискане намамелюците , беше водена от Наполеон Бонапарт.Прокламацията на Бонапарт в Александрия подчертава равенството, заслугите и уважението към исляма, контрастирайки с предполагаемата липса на тези качества у мамелюците.Той обеща открит достъп на всички египтяни за административни постове и предложи свалянето на папската власт, за да демонстрира френската привързаност към исляма.^[102]Египтяните обаче бяха скептични към френските намерения.След френската победа в битката при Ембабех (Битката при пирамидите), където силите на Мурад бей и Ибрахим бей са победени, в Кайро е сформиран общински съвет, включващ шейхове, мамелюци и френски членове, служещи главно за прилагане на френски декрети.^[102]Френската непобедимост беше поставена под въпрос след поражението на техния флот в битката при Нил и провала в Горен Египет.Напрежението ескалира с въвеждането на жилищен данък, което води до въстание в Кайро през октомври 1798 г. Френският генерал Дюпюи е убит, но Бонапарт и генерал Клебер бързо потушават въстанието.Френското използване на джамията Ал-Азхар като конюшня предизвика дълбока обида.^[102]Сирийската експедиция на Бонапарт през 1799 г. временно отслабва френския контрол в Египет.След завръщането си той побеждава съвместна атака на Мурад бей и Ибрахим бей, а по-късно разбива турска армия при Абукир.След това Бонапарт напуска Египет, назначавайки Клебер за свой наследник.^[102] Клебер е изправен пред несигурна ситуация.След като първоначалните споразумения за френска евакуация бяха блокирани от британците, Кайро преживя бунтове, които Клебер потуши.Той преговаря с Мурад бей, предоставяйки му контрол над Горен Египет, но Клебер е убит през юни 1800 г. ^[102]Генерал Жак-Франсоа Мену наследява Клебер, опитвайки се да спечели благоволението на мюсюлманите, но отблъсква египтяните, като обявява френски протекторат.През 1801 г. английски и турски сили кацнаха при Абу Кир, което доведе до френски поражения.Генерал Белиар предаде Кайро през май, а Мену капитулира в Александрия през август, слагайки край на френската окупация.^[102] Трайното наследство от френската окупация е „Description de l'Egypte“, подробно изследване на Египет от френски учени, което значително допринесе в областта на египтологията.^[102]