Першая фітна, буйная ранняя ісламская грамадзянская вайна, прывяла да значных змен у кіраванні Егіптам.У гэты перыяд халіф Алі прызначыў Мухамада ібн Абі Бакра губернатарам Егіпта.Аднак Амр ібн аль-Ас, падтрымліваючы Амеядаў , перамог Ібн Абі Бакра ў 658 годзе і кіраваў Егіптам да яго смерці ў 664 годзе. Пры Амеядах прыхільнікі Амеядаў, такія як Маслама ібн Мухалад аль-Ансары, працягвалі кіраваць Егіптам да Другой Фітны .У ходзе гэтага канфлікту быў усталяваны рэжым Зубайрыдаў, які падтрымліваў харыджытаў, непапулярны сярод мясцовых арабаў.Халіф Амеядаў Марван I уварваўся ў Егіпет у 684 годзе, аднавіўшы кантроль над Амеядамі і прызначыўшы свайго сына Абд аль-Азіза губернатарам, які фактычна кіраваў у якасці віцэ-караля на працягу 20 гадоў.^[82]Пры Амеядах такія губернатары, як Абд аль-Малік ібн Рыфаа аль-Фахмі і Айюб ібн Шархабіль, выбраныя з мясцовай ваеннай эліты (джунд), праводзілі палітыку, якая павялічвала ціск на коптаў і ініцыявала ісламізацыю.^[83] Гэта прывяло да некалькіх копцкіх паўстанняў з-за павышэння падаткаў, найбольш прыкметнае ў 725 г. Арабская мова стала афіцыйнай урадавай мовай у 706 г., што спрыяла фарміраванню егіпецкай арабскай мовы.Перыяд Амеядаў скончыўся чарговымі паўстаннямі ў 739 і 750 гадах.У перыяд праўлення Абасідаў Егіпет перажыў новыя падаткі і новыя копцкія паўстанні.Рашэнне халіфа аль-Мутасіма ў 834 годзе цэнтралізаваць уладу і фінансавы кантроль прывяло да значных змен, у тым ліку да замены мясцовых арабскіх войскаў турэцкімі салдатамі.У IX стагоддзі мусульманскае насельніцтва перасягнула хрысціян-коптаў , узмацніліся працэсы арабізацыі і ісламізацыі.«Анархія ў Самары» ў цэнтры Абасідаў спрыяла ўздыму рэвалюцыйных рухаў Алідаў у Егіпце.^[84]Перыяд Тулунідаў пачаўся ў 868 годзе, калі Ахмад ібн Тулун быў прызначаны губернатарам, што азнаменавала зрух да палітычнай незалежнасці Егіпта.Нягледзячы на ​​ўнутраную барацьбу за ўладу, Ібн Тулун усталяваў дэ-факта незалежнае праўленне, назапашваючы значнае багацце і распаўсюджваючы ўплыў на Левант.Яго пераемнікі, аднак, сутыкнуліся з унутранымі канфліктамі і знешнімі пагрозамі, што прывяло да адваявання Егіпта Абасідамі ў 905 г. ^{[85 .]}У Егіпце пасля Тулунідаў працягваліся канфлікты і ўздым уплывовых асоб, такіх як турэцкі камандзір Мухамад ібн Тугдж аль-Іхшыд.Яго смерць у 946 годзе прывяла да мірнай спадчыны яго сына Унуджура і наступнага кіравання Кафурам.Аднак заваяванне Фацімідаў у 969 г. скончыла гэты перыяд, адкрыўшы новую эру ў гісторыі Егіпта.^[86]