1988-ci ildə Pakistanda prezident Ziya-ül-Həqin ölümündən sonra keçirilən ümumi seçkilərlə demokratiya bərpa olundu.Bu seçkilər Pakistan Xalq Partiyasının (PPP) hakimiyyətə qayıdışına gətirib çıxardı, Bənazir Bhutto Pakistanın ilk qadın baş naziri və əksəriyyəti müsəlman olan ölkədə ilk qadın hökumət başçısı oldu.1999-cu ilə qədər davam edən bu dövr, Nəvaz Şərifin başçılıq etdiyi sağ mərkəzçi mühafizəkarlar və Bənazir Bhuttonun rəhbərliyi altında sol mərkəzçi sosialistlərin olduğu rəqabətli ikipartiyalı sistem ilə xarakterizə olunurdu.İşlədiyi müddətdə Bhutto kommunizmə ortaq inamsızlıq səbəbindən qərbyönlü siyasətlərini davam etdirərək, Soyuq Müharibənin son mərhələlərində Pakistanı idarə etdi.Onun hökuməti Sovet qoşunlarının Əfqanıstandan çıxarılmasının şahidi oldu.Lakin Pakistanın atom bombası layihəsinin kəşfi ABŞ -la münasibətlərin gərginləşməsinə və iqtisadi sanksiyaların tətbiqinə səbəb olub.Bhutto hökuməti Əfqanıstanda da çətinliklərlə üzləşdi, uğursuz hərbi müdaxilə kəşfiyyat xidmətinin direktorlarının işdən çıxarılmasına səbəb oldu.İqtisadiyyatı canlandırmaq səylərinə, o cümlədən Yeddinci Beşillik Plana baxmayaraq, Pakistan staqflyasiya ilə üzləşdi və Bhuttonun hökuməti sonda mühafizəkar prezident Qulam İshaq Xan tərəfindən istefaya göndərildi.