1997-ci il seçkilərində mühafizəkar partiya əhəmiyyətli səs çoxluğu əldə edərək, onlara baş nazirin səlahiyyətində nəzarəti və tarazlığı azaltmaq üçün konstitusiyaya dəyişiklik etməyə imkan verdi.Navaz Şərif prezident Farooq Leghari, Birləşmiş Qərargah Rəisləri Komitəsinin sədri general Cehangir Karamat, Dəniz Qərargahının rəisi Admiral Fasih Bokharie və Baş Ədliyyə Səccad Əli Şah kimi əsas fiqurların institusional problemləri ilə üzləşib.Şərif bu çağırışlara uğurla cavab verdi və dördünün də istefası ilə nəticələndi, Ali Məhkəmə Şərifin tərəfdarları tərəfindən basqın edildikdən sonra Baş Hakim Şah istefa verdi.Hindistanla gərginlik 1998-ci ildə Hindistanın nüvə sınaqlarından (Şakti əməliyyatı) sonra artıb.Buna cavab olaraq, Şərif Nazirlər Kabinetinin müdafiə komitəsinin iclasını çağırdı və daha sonra Pakistanın Çaqay təpələrində nüvə sınaqları keçirməsini əmr etdi.Bu hərəkət beynəlxalq səviyyədə pislənsə də, ölkə daxilində populyarlaşdı və Hindistan sərhədi boyunca hərbi hazırlığı gücləndirdi.Şərifin nüvə sınaqlarından sonra beynəlxalq tənqidlərə sərt cavabı Hindistanı nüvə silahının yayılmasına görə qınayıb və ABŞ-ıYaponiyada nüvə silahından tarixən istifadə etdiyinə görə tənqid edib:Dünya [Hindistana] təzyiq göstərmək əvəzinə... dağıdıcı yola getməmək... onun günahı olmadan [Pakistana] hər cür sanksiya tətbiq etdi...!Əgər Yaponiyanın öz nüvə qabiliyyəti olsaydı...[şəhərlər]...Hirosima və Naqasaki... ABŞ-ın əli ilə atom məhvinə məruz qalmazdı.Onun rəhbərliyi altında Pakistan yeddinci elan edilmiş nüvə silahı dövləti və müsəlman dünyasında birinci oldu.Nüvə inkişafı ilə yanaşı, Şərif hökuməti Pakistan Ətraf Mühitin Mühafizəsi Agentliyini yaradaraq ətraf mühit siyasətini həyata keçirdi.Bhuttonun mədəniyyət siyasətini davam etdirən Şərif Hindistan mediasına bəzi çıxışlara icazə verdi, bu da media siyasətində cüzi dəyişikliyi qeyd etdi.