16-cı əsrdə Protestant İslahat hərəkatları Polşa Xristianlığına dərindən nüfuz etdi və nəticədə Polşada Reformasiya bir sıra müxtəlif məzhəbləri əhatə etdi.Polşada formalaşan dini tolerantlıq siyasəti o dövrdə Avropada demək olar ki, unikal idi və dini münaqişələr nəticəsində parçalanmış bölgələrdən qaçanların çoxu Polşada sığınacaq tapdı.Köhnə Kral I Sigismund (1506-1548) və Kral II Sigismund Augustus (1548-1572) dövründə astronom Nikolay Kopernik (1473) mədəniyyət və elmin intensiv inkişafının (Polşada İntibahın Qızıl Dövrü) şahidi oldu. –1543) ən tanınmış nümayəndəsidir.Yan Koçanovski (1530-1584) şair və dövrün əsas bədii şəxsiyyəti idi.1525-ci ildə, Sigismund I dövründə, Tevton ordeni dünyəviləşdirildi və hersoq Albert Polşa kralı (Prussiya Hörməti) qarşısında öz fiefi Prussiya Hersoqluğuna hörmət nümayiş etdirdi.Mazovia nəhayət 1529-cu ildə Polşa tacının tərkibinə daxil edildi.II Sigismundun hakimiyyəti Yagellon dövrünə son qoydu, lakin Litva ilə birliyin son yerinə yetirilməsi olan Lyublin İttifaqına (1569) səbəb oldu.Bu müqavilə Ukraynanı Litva Böyük Hersoqluğundan Polşaya köçürdü və Polşa-Litva siyasətini uşaqsız II Sigismundun ölümündən kənarda saxlayaraq həqiqi birliyə çevirdi, onun fəal iştirakı bu prosesin tamamlanmasını mümkün etdi.Uzaq şimal-şərqdəki Livoniya 1561-ci ildə Polşaya daxil oldu və Polşa Rusiya çarlığına qarşı Livoniya müharibəsinə girdi.Polşa və Litvanın maqnat ailələri tərəfindən dövlətin inkişaf edən hökmranlığını yoxlamağa cəhd edən edam hərəkatı 1562-63-cü illərdə Piotrkowdakı Seymdə zirvəyə çatdı.Dini cəbhədə Polşa Qardaşları Kalvinistlərdən ayrıldı və Protestant Brest İncil 1563-cü ildə nəşr olundu. 1564-cü ildə gələn Yezuitlər Polşanın tarixinə böyük təsir göstərməli idilər.