Fransızların Misirə ekspedisiyasına , guya Osmanlı Babı-ı dəstəkləmək vəMəmlükləri sıxışdırmaq üçün Napoleon Bonapart rəhbərlik edirdi.Bonapartın İsgəndəriyyədəki bəyannaməsi Məmlüklərdə bu keyfiyyətlərin güman edilən olmaması ilə ziddiyyət təşkil edərək bərabərlik, ləyaqət və İslama hörməti vurğulayırdı.O, bütün misirlilərə inzibati vəzifələr üçün açıq çıxış vəd etdi və Fransanın İslama bağlılığını nümayiş etdirmək üçün papa hakimiyyətinin devrilməsini təklif etdi.^[102]Lakin misirlilər Fransanın niyyətlərinə şübhə ilə yanaşırdılar.Murad bəy və İbrahim bəyin qüvvələrinin məğlub olduğu Embabeh döyüşündə (Piramidalar döyüşü) fransızların qələbəsindən sonra Qahirədə şeyxlər, məmlüklər və fransız üzvlərindən ibarət bələdiyyə məclisi yaradıldı və əsasən fransız fərmanlarının icrasına xidmət etdi.^[102]Fransızların yenilməzliyi Nil döyüşündə donanmasının məğlubiyyətindən və Yuxarı Misirdəki uğursuzluqdan sonra şübhə altına alındı.Ev vergisinin tətbiqi ilə gərginlik artdı və 1798-ci ilin oktyabrında Qahirədə üsyana səbəb oldu. Fransız generalı Dupuy öldürüldü, lakin Bonapart və general Kleber üsyanı tez yatırdılar.Fransanın Əl-Əzhər məscidindən tövlə kimi istifadə etməsi dərin təhqirə səbəb olub.^[102]1799-cu ildə Bonapartın Suriya ekspedisiyası Misirdə fransız nəzarətini müvəqqəti olaraq zəiflətdi.Qayıdandan sonra Murad bəylə İbrahim bəyin birgə hücumunu məğlub etdi, daha sonra Əbukirdə türk ordusunu darmadağın etdi.Daha sonra Bonapart Misiri tərk edərək Kleberi öz varisi təyin etdi.^[102] Kléber təhlükəli vəziyyətlə üzləşdi.Fransızların təxliyəsi ilə bağlı ilkin razılaşmalar ingilislər tərəfindən əngəlləndikdən sonra Qahirədə iğtişaşlar baş verdi və Kléber onları yatırtdı.O, Murad bəylə danışıqlar apararaq Yuxarı Misirə nəzarəti ona verdi, lakin Kleber 1800-cü ilin iyununda öldürüldü ^{[. 102]}General Jacques-Francois Menou Kleberin yerinə gəldi, müsəlmanların rəğbətini qazanmağa çalışdı, lakin Fransanın protektoratını elan edərək misirliləri özündən uzaqlaşdırdı.1801-ci ildə ingilis və türk qoşunları Əbu Qirdə desant çıxardılar və bu, Fransanın məğlubiyyətinə səbəb oldu.General Belliard may ayında Qahirəni təslim etdi, Menou isə avqustda İsgəndəriyyədə təslim oldu və Fransa işğalına son verdi.^[102] Fransız işğalının qalıcı mirası, Misirşünaslıq sahəsinə əhəmiyyətli töhfə verən fransız alimləri tərəfindən Misirin ətraflı tədqiqi olan "Description de l'Egypte" idi.^[102]