16-cı əsrin əvvəllərində, 1517-ci ildə Osmanlılar Misiri fəth etdikdən sonra Sultan I Səlim Yunus Paşanı Misirə vali təyin etdi, lakin fitnə-fəsad məsələlərinə görə tezliklə onu Xeyır bəy əvəz etdi.^[97] Bu dövr Osmanlı nümayəndələri ilə əhəmiyyətli nüfuzunu saxlayanMəmlüklər arasında hakimiyyət mübarizəsi ilə əlamətdar oldu.Məmlüklər Misirin 12 sancağında əsas vəzifələr tutaraq inzibati struktura daxil edildilər.Qanuni Sultan Süleyman dövründə paşaya kömək etmək üçün ordu və dini idarələrin təmsil olunduğu Böyük Divan və Kiçik Divan yaradıldı.Səlim Misirin müdafiəsi üçün altı alay yaratdı, Süleyman isə yeddinci alayını əlavə etdi.^[98]Osmanlı rəhbərliyi Misir valisini tez-tez, tez-tez hər il dəyişirdi.Bir vali, Hain Əhməd Paşa müstəqillik qurmağa cəhd etdi, lakin qarşısı alındı ​​və edam edildi.^[98] 1527-ci ildə Misirdə torpaq tədqiqatı aparıldı və torpaqlar dörd növə bölündü: sultanın ərazisi, fieflər, hərbi qulluq torpaqları və dini vəqf torpaqları.Bu sorğu 1605-ci ildə həyata keçirilmişdir. ^[98]Misirdə 17-ci əsr hərbi qiyamlar və tez-tez qoşunların qəsb edilməsini cilovlamaq cəhdləri ilə xarakterizə olunurdu.1609-cu ildə əhəmiyyətli bir qarşıdurma Qara Mehmed Paşanın Qahirəyə zəfərlə daxil olmasına və ardınca maliyyə islahatlarına səbəb oldu.^[98] Bu dövrdə yerli Məmlük bəyləri Misir administrasiyasında üstünlük əldə etdilər, tez-tez hərbi vəzifələr tutdular və Osmanlının təyin etdiyi valilərə meydan oxudular.^[99] Güclü yerli əlaqələri olan Misir ordusu tez-tez qubernatorların təyin edilməsinə təsir edir və idarə üzərində əsaslı nəzarətə malik idi.^[100]Əsrdə Misirdə iki nüfuzlu fraksiya yarandı: Osmanlı süvariləri ilə əlaqəli Fəqari və yerli Misir qoşunları ilə əlaqəli Qasimi.Fərqli rəngləri və simvolları ilə simvollaşdırılan bu fraksiyalar Osmanlı Misirinin idarəçiliyinə və siyasətinə əhəmiyyətli dərəcədə təsir etdi.^[101]