Qırmızı Möhür sistemi ən azı 1592-ci ildə, Toyotomi Hideyoshi altında, bir sənəddə sistemin ilk məlum qeyd edildiyi tarixdən görünür.Faktiki olaraq qorunan ilk Şuinjo (Qırmızı Möhür İcazəsi) Yaponiyanın Tokuqavanın ilk hökmdarı Tokuqava İeyasu tərəfindən 1604-cü ilə aiddir.Tokuqava xarici ticarətlə maraqlanan sevimli feodallarına və əsas tacirlərinə qırmızı möhürlü icazələr verirdi.Bununla o, yapon tacirlərinə nəzarət edə və Cənubi dənizdə yapon piratlığını azalda bildi.Onun möhürü həm də gəmilərin qorunmasına zəmanət verirdi, çünki o, onu pozacaq hər hansı bir pirat və ya milləti təqib edəcəyinə söz vermişdi.Yapon tacirləri ilə yanaşı, 12 avropalı və 11 çinlinin, o cümlədən William Adams və Jan Joostenin icazə aldığı məlumdur.1621-ci ildən sonra bir nöqtədə, Jan Joosten ticarət üçün 10 Qırmızı Mühür Gəmisinə sahib olduğu qeyd edildi.
Portuqaliya ,
İspan ,
Hollandiya , İngilis gəmiləri və Asiya hökmdarları Yapon şoqunları ilə diplomatik əlaqələrə malik olduqları üçün əsasən Yapon qırmızı möhür gəmilərini qorudular.Yalnız
Ming Çinin bu təcrübə ilə heç bir əlaqəsi yox idi, çünki imperiya Yapon gəmilərinin Çin limanlarına daxil olmasını rəsmən qadağan etmişdi.(Lakin Ming rəsmiləri Çin qaçaqmalçılarının Yaponiyaya yelkən açmasına mane ola bilmədilər.)1635-ci ildə Tokuqava Şoqunluğu öz vətəndaşlarının xaricə səyahətini rəsmən qadağan etdi (çox sonralar 1907-ci il Centlmenlər Müqaviləsinə bənzər) və beləliklə, qırmızı möhür ticarəti dövrü başa çatdı.Bu hərəkət, Hollandiya Şərqi Hindistan Şirkətinin Asiyadakı qərargahı Batavia olmaqla, Avropa ticarəti üçün yeganə rəsmi sanksiyaya məruz qalmış tərəf olmasına səbəb oldu.