እ.ኤ.አ. በ 1988 የፕሬዚዳንት ዚያ-ኡል-ሃቅ ሞት ተከትሎ በጠቅላላ ምርጫ በፓኪስታን ዲሞክራሲ እንደገና ተመሠረተ።እነዚህ ምርጫዎች የፓኪስታን ህዝቦች ፓርቲ (ፒ.ፒ.ፒ.ፒ) ወደ ስልጣን እንዲመለሱ አድርጓቸዋል፣ ቤናዚር ቡቱቶ የፓኪስታን የመጀመሪያዋ ሴት ጠቅላይ ሚኒስትር እና ሙስሊም በብዛት በሚኖርባት ሀገር የመጀመሪያዋ ሴት የመንግስት መሪ ሆናለች።ይህ ጊዜ እስከ 1999 ድረስ የዘለቀው፣ የመሀል ቀኝ ወግ አጥባቂዎች በናዋዝ ሸሪፍ እና በቤናዚር ቡቱቶ የሚመሩት የመሀል ግራኝ ሶሻሊስቶች ያሉት፣ በሁለት ፓርቲ ተፎካካሪ ስርዓት ተለይቶ ይታወቃል።ቡቱቶ በስልጣን ዘመኗ ፓኪስታንን በቀዝቃዛው ጦርነት የመጨረሻ ደረጃ አሳልፋለች፣ በኮምዩኒዝም የጋራ እምነት ምክንያት የምዕራባውያንን ደጋፊ ፖሊሲዎች አስጠብቃለች።መንግስቷ የሶቪየት ጦር ከአፍጋኒስታን ሲወጣ አይቷል።ሆኖም የፓኪስታን የአቶሚክ ቦምብ ፕሮጀክት መገኘቱ ከአሜሪካ ጋር ያለው ግንኙነት እንዲሻክር እና የኢኮኖሚ ማዕቀብ እንዲጣል አድርጓል።የቡቱ መንግስት በአፍጋኒስታንም ፈተናዎችን ገጥሞታል፣ ያልተሳካ ወታደራዊ ጣልቃገብነት የስለላ አገልግሎት ዳይሬክተሮችን ከስራ እንዲባረር አድርጓል።የሰባተኛው የአምስት አመት እቅድን ጨምሮ ኢኮኖሚውን ለማነቃቃት ጥረት ቢደረግም ፓኪስታን የመቀዛቀዝ ሁኔታ ገጥሟታል እና የቡቶ መንግስት በመጨረሻ በወግ አጥባቂው ፕሬዝዳንት ጉላም ኢስሃቅ ካን ውድቅ ተደረገ።