እ.ኤ.አ. ከ1999 እስከ 2007 የፔርቬዝ ሙሻራፍ ፕሬዝደንትነት የሊበራል ኃይሎች በፓኪስታን ጉልህ ስልጣን ሲይዙ ለመጀመሪያ ጊዜ ነው።የሲቲባንክ ሥራ አስፈፃሚ ሻውካት አዚዝ ኢኮኖሚውን በመቆጣጠር ለኢኮኖሚ ነፃነት፣ ወደ ፕራይቬታይዜሽን እና የሚዲያ ነፃነት ተነሳሽነት ተጀመረ።የሙሻራፍ መንግስት ወግ አጥባቂዎችን እና ግራ ዘመዶችን ወደ ጎን በመተው ከሊበራል ፓርቲዎች ለመጡ የፖለቲካ ሰራተኞች ምህረት ሰጠ።ሙሻራፍ የሕንድ ባህላዊ ተጽእኖን ለመመከት በማለም የግል ሚዲያን በከፍተኛ ሁኔታ አስፋፍቷል።ጠቅላይ ፍርድ ቤቱ በጥቅምት 2002 ጠቅላላ ምርጫ እንዲካሄድ አዘዘ እና ሙሻራፍ በ2001 የአሜሪካን አፍጋኒስታን ወረራ ደግፏል።በህንድ በካሽሚር ላይ የተፈጠረው ውጥረት በ2002 ወታደራዊ ግጭት አስከትሏል።አጨቃጫቂ ነው የተባለው የሙሻራፍ እ.ኤ.አ.እ.ኤ.አ. በ 2002 በተካሄደው አጠቃላይ ምርጫ ሊበራል እና ማእከላዊ አብላጫ ድምጽ በማሸነፍ በሙሻራፍ ድጋፍ መንግስት መሰረተ።የፓኪስታን ሕገ መንግሥት 17ኛው ማሻሻያ የሙሻራፍን ድርጊት እንደገና ሕጋዊ አድርጎ የፕሬዚዳንትነቱን ጊዜ አራዘመ።ሻውካት አዚዝ በ 2004 ጠቅላይ ሚኒስትር ሆነ በኢኮኖሚ እድገት ላይ በማተኮር ነገር ግን የማህበራዊ ማሻሻያዎችን ተቃውሞ ገጥሞታል.ሙሻራፍ እና አዚዝ ከአልቃይዳ ጋር በተገናኘ ከበርካታ የግድያ ሙከራዎች ተርፈዋል።በአለም አቀፍ ደረጃ የኒውክሌር መስፋፋት ውንጀላ ተአማኒነታቸውን አጉድፏል።የቤት ውስጥ ተግዳሮቶች በጎሳ አካባቢዎች ግጭቶችን እና በ2006 ከታሊባን ጋር የተደረገ ስምምነት፣ ምንም እንኳን ኑፋቄዎች ቢቀጥሉም።