እ.ኤ.አ. በ 1999 ፓኪስታን በጄኔራል ፔርቬዝ ሙሻራፍ እና በጋራ ስታፍ ዋና መሥሪያ ቤት ወታደራዊ ስታፍ ያለ ደም የተፈፀመ ወታደራዊ መፈንቅለ መንግስት አጋጠማት።እ.ኤ.አ ኦክቶበር 12፣ ከጠቅላይ ሚኒስትር ናዋዝ ሻሪፍ ሲቪል መንግስት ተቆጣጠሩ።ከሁለት ቀናት በኋላ ሙሻራፍ እንደ ዋና ስራ አስፈፃሚ የፓኪስታንን ህገ መንግስት አወዛጋቢ በሆነ መልኩ አገደ።መፈንቅለ መንግስቱ የተካሄደው በሻሪፍ አስተዳደር እና በወታደሩ መካከል በተለይም በጄኔራል ሙሻራፍ መካከል ያለውን አለመግባባት በማባባስ ነው።ሸሪፍ ሙሻራፍን በሌተና ጄኔራል ዚያውዲን ቡት የጦር ሰራዊት አዛዥ አድርጎ ለመተካት ያደረገው ሙከራ ከከፍተኛ ወታደራዊ ባለስልጣናት ተቃውሞ ገጥሞት ቡት እንዲታሰር አድርጓል።የመፈንቅለ መንግሥቱ ግድያ ፈጣን ነበር።በ17 ሰአታት ውስጥ ወታደራዊ አዛዦች ቁልፍ የመንግስት ተቋማትን በቁጥጥር ስር በማዋል ሸሪፍን እና አስተዳደሩን ወንድሙን ጨምሮ በቁም እስር ላይ ውለዋል።ወታደሮቹ ወሳኝ የመገናኛ አውታሮችንም ተቆጣጠሩ።በዋና ዳኛ ኢርሻድ ሀሰን ካን የሚመራው የፓኪስታን ጠቅላይ ፍርድ ቤት የማርሻል ህግን “በአስፈላጊነት አስተምህሮ” አጽድቆታል፣ ነገር ግን የቆይታ ጊዜውን ለሦስት ዓመታት ወስኗል።ሸሪፍ ሙሻራፍን በጫነ አይሮፕላን ላይ ተሳፍሮ ህይወትን አደጋ ላይ ጥሏል በሚል ክስ ቀርቦ ተፈርዶበታል ይህ ውሳኔ ውዝግብ አስነስቷል።እ.ኤ.አ. በታህሳስ 2000 ሙሻራፍ ሻሪፍን ሳይጠበቅ ይቅርታ ለቀቁለት ከዚያም ወደ ሳዑዲ አረቢያ በረረ።እ.ኤ.አ. በ 2001 ሙሻራፍ ፕሬዝዳንት ራፊቅ ታራርን ከስልጣን እንዲለቁ ካስገደዱ በኋላ ፕሬዝዳንት ሆነዋል ።በአፕሪል 2002 የተካሄደው ብሄራዊ ህዝበ ውሳኔ በብዙዎች የተጭበረበረ ነው ተብሎ የተተቸ የሙሻራፍን የስልጣን ዘመን አራዘመ።እ.ኤ.አ. በ 2002 የተካሄደው አጠቃላይ ምርጫ ወደ ዲሞክራሲ የተመለሰ ሲሆን የሙሻራፍ ፒኤምኤል(Q) አናሳ መንግስት መሰረተ።