የኢንዶኔዢያ-ማሌዢያ ፍጥጫ፣ ኮንፍራርሲሲ በመባልም የሚታወቀው፣ ከ1963 እስከ 1966 በኢንዶኔዥያ ተቃውሞ የተነሳ የማሌያ፣ የሲንጋፖር እና የብሪታንያ ቅኝ ግዛቶችን የሰሜን ቦርኔዮ እና ሳራዋክን ያጣመረው የማሌያ ምስረታ ተቃውሞ የተነሳ ከ1963 እስከ 1966 ድረስ የታጠቀ ግጭት ነበር።ግጭቱ መነሻው ኢንዶኔዢያ ቀደም ሲል ከኔዘርላንድ ኒው ጊኒ ጋር ባደረገችው ፍጥጫ እና የብሩኔን አመጽ በመደገፍ ነው።ማሌዢያ ከእንግሊዝ ፣ ከአውስትራሊያ እና ከኒውዚላንድ ወታደራዊ እርዳታ ስትቀበል፣ ኢንዶኔዥያ ከዩኤስኤስአር እና ከቻይና በተዘዋዋሪ ድጋፍ ነበራት፣ ይህም በእስያ የቀዝቃዛ ጦርነት ምዕራፍ እንዲሆን አድርጎታል።አብዛኛው ግጭት የተካሄደው በኢንዶኔዥያ እና በምስራቅ ማሌዥያ ድንበር በቦርንዮ ነው።ጥቅጥቅ ያለዉ የጫካ መሬት በሁለቱም በኩል ሰፊ የእግረኛ ቅኝት እንዲያደርጉ አድርጓቸዋል ፣በዚህም ውጊያ ብዙውን ጊዜ ትናንሽ እንቅስቃሴዎችን ያካትታል ።ኢንዶኔዢያ ማሌዢያን ለማዳከም በሳባ እና ሳራዋክ ያለውን የዘር እና የሃይማኖት ልዩነት ለመጠቀም ፈለገች።ሁለቱም ሀገራት በቀላል እግረኛ እና በአየር ትራንስፖርት ላይ የተመሰረቱ ሲሆን ወንዞች ለመንቀሳቀስ እና ሰርጎ ለመግባት ወሳኝ ናቸው።ብሪታኒያዎች ከአውስትራሊያ እና ከኒውዚላንድ ሃይሎች በየጊዜው ከሚደረገው እርዳታ ጋር በመሆን የመከላከል አቅሙን ተሸክመዋል።የኢንዶኔዢያ ሰርጎ መግባት ስልቶች በጊዜ ሂደት ተሻሽለዋል፣ በአካባቢው በጎ ፈቃደኞች ላይ ከመታመን ወደ ይበልጥ የተዋቀሩ የኢንዶኔዥያ ወታደራዊ ክፍሎች።እ.ኤ.አ. በ 1964 ብሪቲሽ ኦፕሬሽን ክላሬት የተባለውን ኢንዶኔዥያ ካሊማንታን ወደ ሚስጥራዊ እንቅስቃሴዎች ጀመሩ።በዚያው ዓመት ኢንዶኔዥያ ጥቃቱን አጠናክራለች፣ ምዕራብ ማሌዢያንን ሳይቀር ኢላማ አድርጋለች፣ ነገር ግን ምንም ስኬት አላስገኘም።የኢንዶኔዢያ 1965 መፈንቅለ መንግስት ካደረገ በኋላ የግጭቱ መጠን እየቀነሰ ሄዶ ሱካርኖ በጄኔራል ሱሃርቶ ተተካ።የሰላም ንግግሮች እ.ኤ.አ. በ 1966 ጀመሩ ፣ በ 11 ኦገስት 1966 የሰላም ስምምነት ተጠናቀቀ ፣ ኢንዶኔዥያ ለማሌዥያ በይፋ እውቅና ሰጥታለች።