In die vroeë 16de eeu, ná die Ottomaanse verowering van Egipte in 1517, het Sultan Selim I Yunus Pasha as die goewerneur van Egipte aangestel, maar hy is spoedig deur Hayır Bey vervang weens korrupsiekwessies.^[97] Hierdie tydperk was 'n magstryd tussen die Ottomaanse verteenwoordigers en dieMamluks , wat aansienlike invloed behou het.Die Mamluks is by die administratiewe struktuur ingelyf en het sleutelposisies in die 12 sanjaks van Egipte beklee.Onder Sultan Suleiman die Magnificent is die Groter Divan en Klein Divan gestig om die pasha te help, met verteenwoordiging van die weermag en godsdiensowerhede.Selim het ses regimente vir Egipte se beskerming gestig, waarby Suleiman 'n sewende gevoeg het.^[98]Die Ottomaanse administrasie het gereeld die Egiptiese goewerneur verander, dikwels jaarliks.Een goewerneur, Hain Ahmed Pasha, het probeer om onafhanklikheid te vestig, maar is gedwarsboom en tereggestel.^[98] In 1527 is 'n grondopname in Egipte gedoen, wat grond in vier tipes gekategoriseer het: die sultan se domein, leengoed, militêre instandhoudingsgrond en godsdienstige grondslaglande.Hierdie opname is in 1605 geïmplementeer. ^[98]Die 17de eeu in Egipte is gekenmerk deur militêre muitery en konflikte, dikwels as gevolg van pogings om afpersing deur die troepe hok te slaan.In 1609 het 'n beduidende konflik gelei tot Kara Mehmed Pasha se triomfantlike toetrede tot Kaïro, gevolg deur finansiële hervormings.^[98] Gedurende hierdie tyd het plaaslike Mamluk-beys oorheersing in die Egiptiese administrasie verkry, wat dikwels militêre posisies beklee en Ottomaanse-aangestelde goewerneurs uitgedaag het.^[99] Die Egiptiese leër, met sterk plaaslike bande, het gereeld die aanstelling van goewerneurs beïnvloed en het aansienlike beheer oor die administrasie gehad.^[100]Die eeu het ook die opkoms van twee invloedryke faksies in Egipte gesien: die Faqari, gekoppel aan die Ottomaanse ruiters, en die Qasimi, wat met inheemse Egiptiese troepe geassosieer word.Hierdie faksies, gesimboliseer deur hul onderskeie kleure en simbole, het die bestuur en politiek van Ottomaanse Egipte aansienlik beïnvloed.^[101]