Parvez Musharrafning 1999-2007 yillardagi prezidentligi Pokistonda birinchi marta liberal kuchlar salmoqli hokimiyatga ega bo‘ldi.Iqtisodiyotni liberallashtirish, xususiylashtirish va ommaviy axborot vositalari erkinligi tashabbuslari kiritildi, Citibank rahbari Shavkat Aziz iqtisodiyotni nazoratga oldi.Musharraf hukumati konservatorlar va soʻllarni chetlab oʻtgan liberal partiyalarning siyosiy xodimlariga amnistiya eʼlon qildi.Musharraf Hindistonning madaniy ta'siriga qarshi turish maqsadida xususiy ommaviy axborot vositalarini sezilarli darajada kengaytirdi.Oliy sud 2002 yil oktyabrigacha umumiy saylovlar o'tkazishga qaror qildi va Musharraf 2001 yilda AQShning Afg'onistonga bostirib kirishini ma'qulladi. Hindiston bilan Kashmir bo'yicha keskinlik 2002 yilda harbiy qarama-qarshilikka olib keldi.Musharrafning munozarali deb topilgan 2002 yilgi referendumi uning prezidentlik muddatini uzaytirdi.2002 yilgi umumxalq saylovlarida liberallar va markazchilar koʻpchilikni qoʻlga kiritib, Musharraf koʻmagida hukumat tuzdilar.Pokiston konstitutsiyasiga kiritilgan 17-o‘zgartirish orqaga qarab Musharrafning harakatlarini qonuniylashtirib, uning prezidentlik muddatini uzaytirdi.Shavkat Aziz 2004-yilda bosh vazir boʻldi, u iqtisodiy oʻsishga eʼtibor qaratdi, ammo ijtimoiy islohotlar uchun qarshilikka duch keldi.Musharraf va Aziz Al-Qoida bilan bog‘liq bir necha suiqasdlardan omon qolgan.Xalqaro miqyosda yadro qurolining tarqalishi haqidagi da'volar ularning obro'siga putur etkazdi.Mazhablararo zo'ravonliklar davom etgan bo'lsa-da, 2006 yilda qabilaviy hududlardagi to'qnashuvlar va Tolibon bilan sulh bo'lgan ichki muammolar qatoriga kiradi.