1511-yilda Malakka portugallar qoʻliga oʻtdi va Sulton Mahmudshoh Malakkadan qochishga majbur boʻldi.Sulton poytaxtni qaytarib olishga bir necha bor urinib ko'rdi, ammo uning harakatlari samarasiz bo'ldi.Portugallar bunga javoban sultonni Pahangga qochishga majbur qiladilar.Keyinroq sulton Bintanga suzib bordi va u yerda yangi poytaxt o‘rnatdi.O'rnatilgan baza bilan sulton parokanda bo'lgan malay kuchlarini to'pladi va Portugaliya pozitsiyasiga qarshi bir necha hujumlar va blokadalar uyushtirdi.Pekan Tua, Sungai Telur, Johorda joylashgan Johor sultonligi 1528 yilda Sulton Alauddin Rioyatshoh II (1528–1564) nomi bilan tanilgan Raja Ali Ibni Sulton Mahmud Melaka tomonidan asos solingan ^{[. 53]} Garchi Sulton Alauddin Rioyat Shoh va uning vorisi Malakkadagi portugallar va Sumatradagi Achenalarning hujumlariga qarshi kurashishga majbur bo'ldilar, ular Johor sultonligini saqlab qolishga muvaffaq bo'lishdi.Malakkaga tez-tez bostirib borish portugaliyaliklarga og'ir qiyinchiliklarni keltirib chiqardi va bu portugallarni surgun qilingan sulton kuchlarini yo'q qilishga ishontirishga yordam berdi.Malayziyani bostirish uchun bir qancha urinishlar qilindi, ammo 1526 yilga qadar portugallar Bintanni yer bilan yakson qilishdi.Keyin sulton Sumatradagi Kamparga chekindi va ikki yildan keyin vafot etdi.Uning ortida Muzaffarshoh va Alouddin Rioyatshoh II ismli ikki o‘g‘il qoldi.^[53] Muzaffar Shoh Perakni qurishda davom etdi, Alauddin Rioyat Shoh Johorning birinchi sultoni boʻldi.^[53]