Malakka sulolasining so‘nggi sultoni Sulton Mahmudshoh II o‘zining tartibsiz xulq-atvori bilan mashhur bo‘lib, Bendexara Habibning o‘limi va keyinchalik Bendaxara Abdul Jalil tayinlanganidan so‘ng deyarli nazoratsiz qolgan.Bu xatti-harakat sultonning bir zodagonning homilador xotinini kichik qoidabuzarlik uchun qatl etishni buyurishi bilan yakunlandi.Bunga javoban Sulton jabrlangan zodagon tomonidan o'ldirilib, 1699 yilda taxtni bo'sh qoldirdi. Sultonning maslahatchilari Orang Kayalar Muarlik Raja Temenggong Sa Akar DiRajaga murojaat qilib, Bendaxara Abdul Jalil taxtga merosxo'rlik qilishni taklif qildi.Biroq, vorislik, ayniqsa, Orang Laut tomonidan norozilik bilan kutib olindi.Ushbu beqarorlik davrida Johordagi ikkita dominant guruh - Bugis va Minangkabau - hokimiyatni qo'llash imkoniyatini ko'rdi.Minangkabau o'zini Sulton Mahmud II ning vafotidan keyin o'g'li deb da'vo qilgan shahzoda Raja Kecil bilan tanishtirdi.Boylik va kuch va'dasi bilan Bugis dastlab Raja Kecilni qo'llab-quvvatladi.Biroq, Raja Kecil ularga xiyonat qildi va ularning roziligisiz o'zini Johor sultoni deb tanladi, natijada oldingi sulton Abdul Jalil IV qochib ketdi va oxir-oqibat o'ldirildi.Bunga javoban bugilar Sulton Abdul Jalil IV ning oʻgʻli Raja Sulaymon bilan kuchlarini birlashtirdilar va bu 1722 yilda Raja Kecilning taxtdan tushirilishiga olib keldi. Raja Sulaymon sulton etib koʻtarilganda, u Johorni boshqargan Bugilarning kuchli taʼsiriga tushib qoldi.18-asr oʻrtalarida Sulton Sulaymon Badrul Alamshoh hukmronligi davrida bugilar Johor maʼmuriyati ustidan sezilarli nazorat oʻrnatgan.Ularning ta'siri shu qadar kuchaydiki, 1760 yilga kelib, turli Bugis oilalari Johor qirollik nasliga o'zaro turmush qurishdi va ularning hukmronligini yanada mustahkamladilar.Ularning rahbarligi ostida Johor xitoylik savdogarlarning integratsiyasi bilan mustahkamlangan iqtisodiy o'sishni boshdan kechirdi.Biroq, 18-asrning oxiriga kelib, Temenggong fraksiyasidan Engkau Muda hokimiyatni qaytarib olishni boshladi va Temenggong Abdul Rahmon va uning avlodlari rahbarligida sultonlikning kelajakdagi gullab-yashnashi uchun poydevor qo'ydi.