16-asr boshlarida, 1517-yilda Usmonlilar Misrni zabt etgandan soʻng, Sulton Salim I Yunus Poshoni Misr hokimi etib tayinladi, ammo korruptsiya bilan bogʻliq muammolar tufayli uning oʻrniga tez orada Hayir Bey tayinlandi.^[97] Bu davr Usmonli vakillari va muhim taʼsirini saqlab qolganmamluklar oʻrtasida hokimiyat uchun kurash olib bordi.Mamluklar Misrning 12 sanjagida asosiy lavozimlarni egallab, ma'muriy tuzilmaga kiritilgan.Sulton Sulaymon podshoh davrida poshoga yordam berish uchun qo‘shin va diniy idora vakillaridan iborat Katta va Kichik devon tashkil etilgan.Salim Misrni himoya qilish uchun oltita polk tuzdi, Sulaymon esa yettinchi polkni qo'shdi.^[98]Usmonli ma'muriyati Misr hokimini tez-tez o'zgartirdi, ko'pincha har yili.Bir gubernator Xain Ahmad Posho mustaqillikni o'rnatishga harakat qildi, ammo barbod bo'ldi va qatl etildi.^[98] 1527-yilda Misrda yer tadqiqoti oʻtkazilib, yerlar toʻrt turga boʻlingan: sulton mulki, fiflar, harbiy xizmat koʻrsatish yerlari va diniy vaqf yerlari.Bu soʻrov 1605 yilda amalga oshirilgan ^[98] .17-asr Misrda harbiy qo'zg'olon va to'qnashuvlar, ko'pincha qo'shinlar tomonidan tovlamachilikni to'xtatishga urinishlar tufayli xarakterlanadi.1609 yilda jiddiy mojaro Kara Mehmed Poshoning Qohiraga g'alaba bilan kirib kelishiga olib keldi va keyin moliyaviy islohotlar amalga oshirildi.^[98] Bu davrda mahalliy mamluk beklari Misr maʼmuriyatida ustunlikka erishdilar, koʻpincha harbiy lavozimlarni egallab, Usmonlilar tomonidan tayinlangan hokimlarga qarshi kurashdilar.^[99] Kuchli mahalliy aloqalarga ega boʻlgan Misr armiyasi gubernatorlarning tayinlanishiga tez-tez taʼsir oʻtkazgan va maʼmuriyat ustidan jiddiy nazoratga ega boʻlgan.^[100]Asrda Misrda ikkita nufuzli guruh paydo bo'ldi: Usmonli otliqlari bilan bog'liq bo'lgan Faqariy va mahalliy Misr qo'shinlari bilan bog'langan Qosimiy.O'zlarining o'ziga xos ranglari va ramzlari bilan ifodalangan bu fraktsiyalar Usmonli Misrning boshqaruvi va siyosatiga sezilarli ta'sir ko'rsatdi.^[101]