Kasunod ng paghahari ng Tilokkarat, ang kaharian ng Lan Na ay humarap sa panloob na mga alitan ng prinsipe na nagpapahina sa kakayahan nitong ipagtanggol laban sa mga tumataas na kalapit na kapangyarihan.Ang mga Shan, na dating nasa ilalim ng kontrol ni Lan Na na itinatag ni Tilokkarat, ay nagkamit ng kalayaan.Si Paya Kaew, apo-sa-tuhod ni Tilokkarat at isa sa mga huling malakas na pinuno ng Lan Na, ay nagtangkang salakayin ang Ayutthaya noong 1507 ngunit naitaboy.Noong 1513, sinamsam ng Ayutthaya's Ramathibodi II ang Lampang, at noong 1523, nawala ang impluwensya ng Lan Na sa Estado ng Kengtung dahil sa isang pakikibaka sa kapangyarihan.Si Haring Ketklao, ang anak ni Kaew, ay nahaharap sa kaguluhan sa panahon ng kanyang paghahari.Siya ay pinatalsik ng kanyang anak na si Thau Sai Kam noong 1538, naibalik noong 1543, ngunit nahaharap sa mga hamon sa pag-iisip at pinatay noong 1545. Ang kanyang anak na babae, si Chiraprapha, ang humalili sa kanya.Gayunpaman, nang humina si Lan Na ng panloob na alitan, parehong nakita ng Ayutthaya at ng Burmese ang mga pagkakataon para sa pananakop.Sa kalaunan ay napilitan si Chiraprapha na gawing isang tributary state ng Ayutthaya ang Lan Na pagkatapos ng maraming pagsalakay.Noong 1546, nagbitiw si Chiraprapha, at si Prinsipe Chaiyasettha ng Lan Xang ang naging pinuno, na minarkahan ang panahon kung saan pinamahalaan si Lan Na ng isang haring Laotian.Matapos ilipat ang kagalang-galang na Emerald Buddha mula sa Chiangmai patungong Luang Prabang, bumalik si Chaiyasettha sa Lan Xang.Ang trono ng Lan Na ay napunta kay Mekuti, isang pinuno ng Shan na may kaugnayan kay Mangrai.Ang kanyang paghahari ay kontrobersyal, dahil marami ang naniniwala na hindi niya pinapansin ang mga pangunahing tradisyon ng Lan Na.Ang pagbaba ng kaharian ay nailalarawan sa pamamagitan ng parehong panloob na mga hindi pagkakaunawaan at panlabas na panggigipit, na humahantong sa pagbawas ng kapangyarihan at impluwensya nito sa rehiyon.