Noong 1958, natapos ang sistemang parlyamentaryo ng Pakistan sa pagpapataw ng batas militar.Ang pagkabigo ng publiko sa katiwalian sa burukrasya at administrasyong sibil ay humantong sa suporta para sa mga aksyon ni Heneral Ayub Khan.^[16] Ang pamahalaang militar ay nagsagawa ng makabuluhang mga reporma sa lupa at ipinatupad ang Elective Bodies Disqualification Order, na humahadlang kay HS Suhrawardy mula sa pampublikong opisina.Ipinakilala ni Khan ang "Basic Democracy," isang bagong sistemang pampanguluhan kung saan pinili ng 80,000 na kolehiyo ng halalan ang pangulo, at ipinahayag ang konstitusyon ng 1962.^[17] Noong 1960, nanalo si Ayub Khan ng popular na suporta sa isang pambansang reperendum, na lumipat mula sa isang militar tungo sa isang pamahalaang sibilyan sa konstitusyon.^[16]Ang mga makabuluhang pag-unlad sa panahon ng pagkapangulo ni Ayub Khan ay kasama ang paglipat ng imprastraktura ng kabisera mula Karachi patungo sa Islamabad.Ang panahong ito, na kilala bilang "Great Decade," ay ipinagdiriwang para sa pag-unlad ng ekonomiya at mga pagbabago sa kultura, ^[18] kabilang ang pag-usbong ng pop music, pelikula, at industriya ng drama.Inihanay ni Ayub Khan ang Pakistan sa Estados Unidos at sa Kanlurang mundo, na sumali sa Central Treaty Organization (CENTO) at Southeast Asia Treaty Organization (SEATO).Ang pribadong sektor ay lumago, at ang bansa ay gumawa ng mga hakbang sa edukasyon, pag-unlad ng tao, at agham, kabilang ang paglulunsad ng isang programa sa kalawakan at pagpapatuloy ng nuclear power program.^[18]Gayunpaman, ang insidente ng U2 spy plane noong 1960 ay naglantad ng mga lihim na operasyon ng US mula sa Pakistan, na nakompromiso ang pambansang seguridad.Sa parehong taon, nilagdaan ng Pakistan ang Indus Waters Treaty sa India upang gawing normal ang relasyon.^[19] Lumakas ang ugnayan sa Tsina , partikular pagkatapos ng Digmaang Sino-Indian, na humantong sa isang kasunduan sa hangganan noong 1963 na nagpabago sa dinamika ng Cold War .Noong 1964, pinigilan ng Sandatahang Lakas ng Pakistan ang isang pinaghihinalaang maka-komunistang pag-aalsa sa Kanlurang Pakistan, at noong 1965, halos nanalo si Ayub Khan sa kontrobersyal na halalan sa pagkapangulo laban kay Fatima Jinnah.