Mula 1977 hanggang 1988, nakaranas ang Pakistan ng panahon ng pamumuno ng militar sa ilalim ni Heneral Zia-ul-Haq, na nailalarawan sa paglago ng konserbatismo at pag-uusig na itinataguyod ng estado.Nakatuon si Zia sa pagtatatag ng Islamic state at pagpapatupad ng batas ng Sharia, pag-set up ng hiwalay na mga korte ng Sharia at pagpapakilala ng mga Islamic criminal law, kabilang ang mga malupit na parusa.Kasama sa Economic Islamization ang mga pagbabago tulad ng pagpapalit ng mga pagbabayad ng interes ng pagbabahagi sa kita at pagpapataw ng buwis sa Zakat.Nakita rin ng pamamahala ni Zia ang pagsupil sa mga sosyalistang impluwensya at ang pag-usbong ng teknokrasya, kung saan ang mga opisyal ng militar na sumasakop sa mga tungkuling sibilyan at mga patakarang kapitalista ay muling ipinakilala.Ang kilusang makakaliwang pinamumunuan ng Bhutto ay humarap sa malupit na panunupil, habang ang mga secessionist na kilusan sa Balochistan ay napigilan.Nagsagawa ng referendum si Zia noong 1984, na nakakuha ng suporta para sa kanyang mga patakaran sa relihiyon.Ang ugnayang panlabas ng Pakistan ay nagbago, na may lumalalang ugnayan sa Unyong Sobyet at mas malakas na ugnayan sa Estados Unidos , lalo na pagkatapos ng interbensyon ng Sobyet sa Afghanistan .Ang Pakistan ay naging pangunahing manlalaro sa pagsuporta sa mga pwersang anti-Sobyet, habang pinamamahalaan ang malaking pagdagsa ng mga Afghan refugee at nahaharap sa mga hamon sa seguridad.Ang mga tensyon sa India ay tumaas, kabilang ang mga salungatan sa Siachen Glacier at postura ng militar.Ginamit ni Zia ang diplomasya ng kuliglig upang mabawasan ang mga tensyon sa India at gumawa ng mga mapanuksong pahayag upang hadlangan ang aksyong militar ng India.Sa ilalim ng panggigipit ng US, inalis ni Zia ang batas militar noong 1985, na hinirang si Muhammad Khan Junejo bilang punong ministro, ngunit kalaunan ay pinaalis siya sa gitna ng lumalaking tensyon.Namatay si Zia sa isang misteryosong pag-crash ng eroplano noong 1988, na nag-iwan ng pamana ng tumaas na impluwensya sa relihiyon sa Pakistan at isang pagbabago sa kultura, na may pagtaas sa underground rock music na humahamon sa mga konserbatibong kaugalian.