Simula noong 1480s, hinarap ni Ava ang patuloy na panloob na paghihimagsik at panlabas na pag-atake mula sa Shan States, at nagsimulang magwatak-watak.Noong 1510, ang Taungoo, na matatagpuan sa malayong timog-silangang sulok ng kaharian ng Ava, ay nagdeklara rin ng kalayaan.^[39] Nang sakupin ng Confederation of Shan States ang Ava noong 1527, maraming refugee ang tumakas sa timog-silangan patungo sa Taungoo, isang landlocked na maliit na kaharian sa kapayapaan, at isa na napapalibutan ng mas malalaking pagalit na kaharian.Ang Taungoo, na pinamumunuan ng ambisyosong hari nitong si Tabinshwehti at ng kanyang representante na heneral na Bayinnaung, ay magpapatuloy sa muling pagsasama-sama ng maliliit na kaharian na umiral mula noong bumagsak ang Imperyong Pagano, at natagpuan ang pinakamalaking imperyo sa kasaysayan ng Timog-silangang Asya.Una, tinalo ng maunlad na kaharian ang isang mas makapangyarihang Hanthawaddy sa Digmaang Taungoo–Hanthawaddy (1534–41).Inilipat ni Tabinshwehti ang kabisera sa bagong nabihag na Bago noong 1539. Pinalawak ng Taungoo ang awtoridad nito hanggang sa Pagan noong 1544 ngunit nabigong masakop ang Arakan noong 1545–47 at Siam noong 1547–49.Ipinagpatuloy ng kahalili ni Tabinshwehti na si Bayinnaung ang patakaran ng pagpapalawak, sinakop ang Ava noong 1555, Nearer/Cis-Salween Shan States (1557), Lan Na (1558), Manipur (1560), Farther/Trans-Salween Shan states (1562–63), ang Siam (1564, 1569), at Lan Xang (1565–74), at dinala ang karamihan sa kanluran at gitnang mainland Southeast Asia sa ilalim ng kanyang pamumuno.Inilagay ni Bayinnaung ang isang pangmatagalang sistema ng administratibo na nagpabawas sa kapangyarihan ng namamana na mga pinuno ng Shan, at dinala ang mga kaugalian ng Shan sa linya ng mga pamantayan sa mababang lupain.^[40] Ngunit hindi niya maaaring kopyahin ang isang epektibong sistemang administratibo sa lahat ng dako sa kanyang malayong imperyo.Ang kanyang imperyo ay isang maluwag na koleksyon ng mga dating soberanong kaharian, na ang mga hari ay tapat sa kanya, hindi ang kaharian ng Taungoo.Ang labis na pinalawak na imperyo, na pinagsama-sama ng mga relasyon sa patron-kliyente, ay tumanggi sa lalong madaling panahon pagkatapos ng kanyang kamatayan noong 1581. Humiwalay si Siam noong 1584 at nakipagdigma sa Burma hanggang 1605. Noong 1597, nawala ang lahat ng ari-arian ng kaharian, kabilang ang Taungoo, ang ancestral home ng dinastiya.Noong 1599, ang mga pwersang Arakanese na tinulungan ng mga mersenaryong Portuges, at sa pakikipag-alyansa sa mga mapanghimagsik na pwersa ng Taungoo, ay sinibak si Pegu.Ang bansa ay nahulog sa kaguluhan, na ang bawat rehiyon ay nag-aangkin ng isang hari.Ang mersenaryong Portuges na si Filipe de Brito e Nicote ay agad na naghimagsik laban sa kanyang mga pinunong Arakanese, at itinatag ang pamamahala ng Portuges na suportado ng Goa sa Thanlyin noong 1603.Sa kabila ng pagiging isang magulong panahon para sa Myanmar, pinalaki ng mga pagpapalawak ng Taungoo ang internasyonal na pag-abot ng bansa.Ang mga bagong mayayamang mangangalakal mula sa Myanmar ay nakipagkalakalan hanggang sa Rajahnate ng Cebu sa Pilipinas kung saan ipinagbili nila ang Burmese Sugar (śarkarā) para sa Cebuano na ginto.^[41] Ang mga Pilipino ay mayroon ding mga pamayanan ng mangangalakal sa Myanmar, ang mananalaysay na si William Henry Scott, na sumipi sa manuskrito ng Portuges na Summa Orientalis, ay nagsabi na ang Mottama sa Burma (Myanmar) ay may malaking presensya ng mga mangangalakal mula sa Mindanao, Pilipinas.^[42] Ang mga Lucoe, isang karibal ng ibang grupong Pilipino, ang mga Mindanaoan, na sa halip ay nagmula sa isla ng Luzon, ay tinanggap din bilang mga mersenaryo at sundalo para sa parehong Siam (Thailand) at Burma (Myanmar), sa Burmese-Siamese. Mga digmaan, ang parehong kaso ng mga Portuges, na mga mersenaryo rin para sa magkabilang panig.^[43]