Noong 1241–1242, ang kaharian ay dumanas ng malaking dagok pagkatapos ng pagsalakay ng Mongol sa Europa.Matapos salakayin ng mga Mongol ang Hungary noong 1241, ang hukbong Hungarian ay natalo nang malubha sa Labanan ng Mohi.Si Haring Béla IV ay tumakas sa larangan ng digmaan at pagkatapos ay ang bansa matapos siyang habulin ng mga Mongol hanggang sa mga hangganan nito.Bago umatras ang mga Mongol, isang malaking bahagi ng populasyon (20-50%) ang namatay.^[22] Sa kapatagan, sa pagitan ng 50 at 80% ng mga pamayanan ay nawasak.^[23] Tanging ang mga kastilyo, matibay na nakukutaang mga lungsod at abbey ang makatiis sa pag-atake, dahil ang mga Mongol ay walang oras para sa mahabang pagkubkob—ang kanilang layunin ay lumipat sa kanluran sa lalong madaling panahon.Ang mga makinang pangkubkob at ang mga inhinyerong Intsik at Persian na nagpapatakbo sa kanila para sa mga Mongol ay naiwan sa mga nasakop na lupain ng Kyivan Rus'.^[24] Ang pagkawasak na dulot ng mga pagsalakay ng Mongol sa kalaunan ay humantong sa imbitasyon ng mga naninirahan mula sa ibang bahagi ng Europa, lalo na mula sa Alemanya.Sa panahon ng kampanya ng mga Mongol laban sa Kievan Rus, humigit-kumulang 40,000 Cumans , mga miyembro ng isang nomadic na tribo ng paganong Kipchaks, ang pinalayas sa kanluran ng Carpathian Mountains.^[25] Doon, umapela ang mga Cumans kay Haring Béla IV para sa proteksyon.^[26] Dumating ang mga Iranian Jassic sa Hungary kasama ang mga Cumans pagkatapos nilang talunin ng mga Mongol.Ang Cumans ay bumubuo marahil hanggang 7–8% ng populasyon ng Hungary sa ikalawang kalahati ng ika-13 siglo.^[27] Sa paglipas ng mga siglo ganap silang na-asimilasyon sa populasyon ng Hungarian, at nawala ang kanilang wika, ngunit napanatili nila ang kanilang pagkakakilanlan at ang kanilang awtonomiya sa rehiyon hanggang 1876. ^[28]Bilang resulta ng mga pagsalakay ng Mongol, iniutos ni Haring Béla ang pagtatayo ng daan-daang batong kastilyo at mga kuta upang tumulong sa pagtatanggol laban sa posibleng pangalawang pagsalakay ng Mongol.Bumalik nga ang mga Mongol sa Hungary noong 1286, ngunit ang mga bagong itinayong sistema ng kastilyong bato at mga bagong taktika ng militar na kinasasangkutan ng mas mataas na proporsyon ng mga armadong kabalyero ay nagpahinto sa kanila.Ang sumasalakay na puwersa ng Mongol ay natalo malapit sa Pest ng maharlikang hukbo ni Haring Ladislaus IV.Nang maglaon, ang mga pagsalakay ay naitaboy din nang madali.Ang mga kastilyong itinayo ni Béla IV ay napatunayang lubhang kapaki - pakinabang sa ibang pagkakataon sa mahabang pakikibaka laban sa Ottoman Empire .Gayunpaman, ang halaga ng pagtatayo ng mga ito ay may utang na loob sa Hungarian na hari sa mga pangunahing pyudal na panginoong maylupa, kung kaya't ang maharlikang kapangyarihan na nabawi ni Béla IV pagkatapos ng makabuluhang paghina ng kanyang ama na si Andrew II ay muli itong nagkalat sa mga mas mababang maharlika.