Nang marinig ni Histiaeus ang pagbagsak ng Miletus, tila itinalaga niya ang kanyang sarili bilang pinuno ng paglaban laban sa Persia .Paglabas mula sa Byzantium kasama ang kanyang puwersa ng mga Lesbian, siya ay naglayag patungong Chios.Tumanggi ang mga Chian na tanggapin siya, kaya nilusob niya at winasak ang mga labi ng armada ng Chian.Lumpo sa dalawang pagkatalo sa dagat, pumayag ang mga Chian sa pamumuno ni Histiaeus.Nagtipon ngayon si Histiaeus ng malaking puwersa ng mga Ionian at Aeolian at nagpunta upang kinubkob si Thasos.Gayunpaman, natanggap niya ang balita na ang armada ng Persia ay papaalis mula sa Miletus upang salakayin ang natitirang bahagi ng Ionia, kaya mabilis siyang bumalik sa Lesbos.Upang mapakain ang kanyang hukbo, pinangunahan niya ang mga ekspedisyon sa paghahanap sa mainland malapit sa Atarneus at Myus.Isang malaking puwersa ng Persia sa ilalim ni Harpagus ang nasa lugar at kalaunan ay naharang ang isang ekspedisyon sa paghahanap malapit sa Malene.Ang sumunod na labanan ay mahirap na nakipaglaban, ngunit natapos ng isang matagumpay na pagsalakay ng mga kabalyerya ng Persia, na niruruta ang linya ng Griyego.Si Histiaeus mismo ay sumuko sa mga Persiano, sa pag-aakalang magagawa niya ang kanyang sarili sa pagpapatawad mula kay Darius.Gayunpaman, sa halip, dinala siya kay Artaphernes, na, lubos na nababatid ang nakaraang pagtataksil ni Histiaeus, ipinako siya at pagkatapos ay ipinadala ang kanyang embalsamadong ulo kay Darius.Ang armada at hukbo ng Persia ay nagpalamig sa Miletus, bago umalis noong 493 BCE upang wakasan ang mga huling baga ng himagsikan.Nilusob at nabihag nila ang mga isla ng Chios, Lesbos, at Tenedos.Sa bawat isa, gumawa sila ng 'pantaong lambat' ng mga tropa at nagwalis sa buong isla upang paalisin ang sinumang nagtatago na mga rebelde.Pagkatapos ay lumipat sila sa mainland at nakuha ang bawat isa sa natitirang mga lungsod ng Ionia, na katulad na naghahanap ng anumang natitirang mga rebelde.Bagaman ang mga lunsod ng Ionia ay walang alinlangan na napinsala sa mga resulta, tila walang nagdusa ng lubos na sinapit ng Miletus.Sinabi ni Herodotus na ang mga Persiano ay pumili ng pinakamagagandang lalaki mula sa bawat lungsod at kinapon sila, at pinili ang pinakamagandang babae at pinaalis sila sa harem ng hari, at pagkatapos ay sinunog ang mga templo ng mga lungsod.Bagama't posibleng totoo ito, malamang na pinalaki rin ni Herodotus ang laki ng pagkawasak. Sa loob ng ilang taon, ang mga lungsod ay halos bumalik sa normal at nakapagsangkap sila ng malaking fleet para sa ikalawang pagsalakay ng Persia sa Greece, 13 lamang taon mamaya.Pagkatapos ay muling nasakop ng hukbong Persian ang mga pamayanan sa panig ng Asya ng Propontis, habang ang armada ng Persia ay naglayag sa baybayin ng Europa ng Hellespont, na kinuha ang bawat pamayanan.Sa buong Asia Minor na ngayon ay matatag na bumalik sa pamamahala ng Persia, ang pag-aalsa sa wakas ay natapos na.