Miaka minane ya mihula miwili ya Mohammad Khatami kama rais mwaka 1997-2005 wakati mwingine huitwa Enzi ya Mageuzi ya Iran.^[122] Urais wa Mohammad Khatami, kuanzia tarehe 23 Mei, 1997, uliashiria mabadiliko makubwa katika hali ya kisiasa ya Iran, ikisisitiza mageuzi na usasa.Kwa kushinda uchaguzi huo kwa asilimia 70 ya kura huku kukiwa na idadi kubwa ya waliojitokeza kupiga kura ya karibu 80%, ushindi wa Khatami ulijulikana kwa uungwaji mkono wake mpana, wakiwemo wafuasi wa jadi wa mrengo wa kushoto, viongozi wa biashara wanaotetea uwazi wa kiuchumi, na wapiga kura vijana.^[123]Uchaguzi wa Khatami uliashiria hamu ya mabadiliko katika jamii ya Irani, haswa baada ya Vita vya Irani na Iraki na kipindi cha ujenzi mpya baada ya mzozo.Urais wake, ambao mara nyingi ulihusishwa na "Vuguvugu la 2 la Khordad," ulizingatia utawala wa sheria, demokrasia, na ushirikishwaji wa kisiasa.Mwanzoni, enzi mpya iliona ukombozi mkubwa.Idadi ya magazeti ya kila siku yanayochapishwa nchini Iran iliongezeka kutoka matano hadi ishirini na sita.Uchapishaji wa jarida na vitabu pia uliongezeka.Sekta ya filamu ya Iran ilishamiri chini ya utawala wa Khatami na filamu za Iran zilishinda tuzo huko Cannes, na Venice.^[124] Hata hivyo, ajenda yake ya kuleta mabadiliko mara kwa mara iligongana na wahafidhina wa Iran, hasa wale walio katika nyadhifa zenye nguvu kama Baraza la Walinzi.Mapigano haya mara nyingi yalisababisha kushindwa kwa Khatami katika vita vya kisiasa, na kusababisha kukatishwa tamaa miongoni mwa wafuasi wake.Mnamo 1999, vizuizi vipya viliwekwa kwenye vyombo vya habari.Mahakama zilipiga marufuku zaidi ya magazeti 60.^[124] Washirika muhimu wa Rais Khatami walikamatwa, kuhukumiwa na kutiwa gerezani kwa kile ambacho waangalizi wa nje walikiona kuwa "kupuuzwa" ^[125] au misingi ya kiitikadi.Utawala wa Khatami ulikuwa chini ya kikatiba kwa Kiongozi Mkuu, ukiweka mipaka ya mamlaka yake juu ya taasisi muhimu za serikali.Jaribio lake la kutunga sheria, "miswada pacha," lililenga kurekebisha sheria za uchaguzi na kufafanua mamlaka ya rais.Miswada hii ilipitishwa na bunge lakini ilipigiwa kura ya turufu na Baraza la Walinzi, ikiashiria changamoto ambazo Khatami alikabiliana nazo katika kutekeleza mageuzi.Urais wa Khatami ulikuwa na sifa ya msisitizo juu ya uhuru wa vyombo vya habari, mashirika ya kiraia, haki za wanawake, uvumilivu wa kidini, na maendeleo ya kisiasa.Alitaka kuboresha taswira ya Iran kimataifa, akishirikiana na Umoja wa Ulaya na kuwa rais wa kwanza wa Iran kuzuru nchi kadhaa za Ulaya.Sera zake za kiuchumi ziliendeleza juhudi za kiviwanda za serikali zilizopita, zikilenga ubinafsishaji na kuunganisha uchumi wa Iran katika soko la kimataifa.Licha ya juhudi hizi, Iran ilikabiliwa na changamoto kubwa, ikiwa ni pamoja na ukosefu wa ajira na mapambano ya kuendelea na umaskini.Katika sera ya kigeni, Khatami alilenga maridhiano juu ya makabiliano, kutetea "Mazungumzo Kati ya Ustaarabu" na kujaribu kurekebisha uhusiano na Magharibi.Nchi kadhaa za Umoja wa Ulaya zilianza upya uhusiano wa kiuchumi na Iran mwishoni mwa miaka ya 1990, na biashara na uwekezaji ziliongezeka.Mnamo 1998, Uingereza ilianzisha tena uhusiano wa kidiplomasia na Iran, uliovunjika tangu mapinduzi ya 1979.Merika ililegeza vikwazo vyake vya kiuchumi, lakini iliendelea kuzuia uhusiano wa kawaida zaidi, ikisema kuwa nchi hiyo imehusishwa na ugaidi wa kimataifa na inakuza uwezo wa silaha za nyuklia.