1958 slutade Pakistans parlamentariska system med införandet av krigslagar.Allmänhetens besvikelse över korruption inom den civila byråkratin och administrationen ledde till stöd för general Ayub Khans agerande.^[16] Militärregeringen genomförde betydande jordreformer och verkställde den utvalda kroppsdiskvalifikationsordningen, vilket hindrade HS Suhrawardy från offentliga ämbeten.Khan introducerade "Basic Democracy", ett nytt presidentsystem där ett valkollegium på 80 000 valde ut presidenten och promulgerade 1962 års konstitution.^[17] År 1960 vann Ayub Khan folkligt stöd i en nationell folkomröstning och övergick från en militär till en konstitutionell civil regering.^[16]Viktiga händelser under Ayub Khans presidentskap innefattade att flytta huvudstadens infrastruktur från Karachi till Islamabad.Denna era, känd som "det stora årtiondet", firas för sin ekonomiska utveckling och kulturella förändringar ^{[, 18]} inklusive uppkomsten av popmusik-, film- och dramaindustrin.Ayub Khan anpassade Pakistan till USA och västvärlden och gick med i Central Treaty Organization (CENTO) och Sydostasiens fördragsorganisation (SEATO).Den privata sektorn växte och landet gjorde framsteg inom utbildning, mänsklig utveckling och vetenskap, inklusive lansering av ett rymdprogram och fortsatt kärnkraftsprogram.^[18]Emellertid avslöjade incidenten med U2-spionplanet 1960 hemliga amerikanska operationer från Pakistan, vilket äventyrade den nationella säkerheten.Samma år undertecknade Pakistan Indus Waters Treaty med Indien för att normalisera relationerna.^[19] Relationerna med Kina stärktes, särskilt efter det kinesisk-indiska kriget, vilket ledde till en gränsöverenskommelse 1963 som förändrade kalla krigets dynamik.1964 slog de pakistanska väpnade styrkorna ned en misstänkt prokommunistisk revolt i västra Pakistan, och 1965 vann Ayub Khan med knappa mått det kontroversiella presidentvalet mot Fatima Jinnah.