Folkräkningen 1582–83 registrerade att vilayet, en autonom del av gränsen till Sanjak of Scutari, hade nahiyah av Grbavci (13 byar), Župa (11 byar), Malonšići (7 byar), Pješivci (14 byar), Cetinje (16 byar), Rijeka (31 byar), Crmnica (11 byar), Paštrovići (36 byar) och Grbalj (9 byar);totalt 148 byar.De montenegrinska stammarna, med stöd av den serbisk-ortodoxa eparkin Cetinje, utkämpade gerillakrig mot ottomanerna med viss framgång.Även om ottomanerna fortsatte att nominellt styra landet, sades bergen aldrig ha erövrats helt.Det fanns stamförsamlingar (zbor).Huvudbiskopen (och stamledarna) allierade sig ofta med Republiken Venedig.Montenegrinerna kämpade och vann två viktiga slag vid Lješkopolje, 1604 och 1613, under ledning och befäl av Metropolitan Rufim Njeguš.Detta var det första slaget av många som en biskop hade lett och lyckats besegra ottomanerna.Under det stora turkiska kriget, 1685, ledde Suleiman, Pasha av Scutari, en kontingent som närmade sig Cetinje och på vägen drabbade samman med hajduks i venetiansk tjänst under befäl av Bajo Pivljanin vid kullen Vrtijeljka (i slaget vid Vrtijeljka) , där de förintade hajdukerna.Efteråt paraderade de segerrika ottomanerna med 500 avhuggna huvuden genom Cetinje, och attackerade även Cetinje-klostret och Ivan Crnojevićs palats.Montenegrinerna fördrev ottomanerna och hävdade självständighet efter det stora turkiska kriget (1683–1699).