Under den bysantinska perioden (med början 390 e.Kr.) dominerades regionen som tidigare var en del av Romarriket av kristendomen under bysantinskt styre. Denna förändring påskyndades av tillströmningen av kristna pilgrimer och byggandet av kyrkor på bibliska platser.^[123] Munkar spelade också en roll i att omvända lokala hedningar genom att etablera kloster nära deras bosättningar.^[124]Det judiska samfundet i Palestina stod inför förfall och förlorade sin majoritetsstatus på 300-talet.^[125] Restriktionerna för judar ökade, inklusive förbud mot att bygga nya gudstjänstlokaler, inneha offentliga ämbeten och äga kristna slavar.^[126] Det judiska ledarskapet, inklusive Nasi-kontoret och Sanhedrin, upplöstes år 425, och det judiska centret i Babylonien ökade till framträdande plats därefter.^[123]På 500- och 600-talen gjorde samariter revolter mot bysantinskt styre, som undertrycktes, vilket minskade samariternas inflytande och förstärkte den kristna dominansen.^[127] Uppgifter om judar och samariter som konverterade till kristendomen under denna period är begränsade och avser mest individer snarare än samhällen.^[128]År 611 invaderade och erövrade Khosrow II av Sassanid Persien , med hjälp av judiska styrkor, Jerusalem.^[129] Tillfångatagandet inkluderade beslagtagandet av "True Cross".Nehemja ben Hushiel utsågs till ståthållare över Jerusalem.År 628, efter ett fredsavtal med bysantinerna, återlämnade Kavad II Palestina och det sanna korset till bysantinerna.Detta ledde till en massaker på judar i Galileen och Jerusalem av Heraclius , som också förnyade förbudet mot judisk inresa i Jerusalem.^[130]