Grekerna under den klassiska perioden trodde att, under den mörka tidsåldern som följde på den mykenska civilisationens kollaps, flydde ett stort antal greker och hade emigrerat till Mindre Asien och bosatt sig där.Dessa nybyggare kom från tre stamgrupper: eolerna, dorianerna och jonerna.Jonierna hade bosatt sig vid kusterna i Lydia och Caria och grundade de tolv städerna som utgjorde Jonien.Städerna i Joniska förblev självständiga tills de erövrades av Lydierna i västra Mindre Asien.Den persiske prinsen Cyrus ledde ett uppror mot den siste mediankungen Astyages 553 fvt.Medan de kämpade mot lydierna, hade Cyrus skickat meddelanden till jonierna och bad dem att göra uppror mot det lydiska styret, vilket jonerna hade vägrat att göra.Efter att Kyros avslutat erövringen av Lydia, erbjöd sig nu de joniska städerna att bli hans undersåtar på samma villkor som de hade varit undersåtar av Krösus.Cyrus vägrade, med hänvisning till jonernas ovilja att hjälpa honom tidigare.Jonierna förberedde sig på så sätt att försvara sig, och Cyrus skickade mediangeneralen Harpagus för att erövra dem.Under åren efter deras erövring tyckte perserna att jonerna var svåra att styra.Perserna nöjde sig alltså med att sponsra en tyrann i varje jonisk stad, även om detta drog dem in i jonernas interna konflikter.På tröskeln till de grekisk-persiska krigen är det troligt att den joniska befolkningen hade blivit missnöjd och redo för uppror.