Прва Фитна, велики рани исламски грађански рат, довела је до значајних промена у управљању Египтом.Током овог периода, калиф Али је именовао Мухамеда ибн Аби Бакра за гувернера Египта.Међутим, Амр ибн ал-Ас, подржавајући Омајаде , поразио је Ибн Аби Бакра 658. године и владао Египтом до његове смрти 664. Под Омајадима, про-омејадски партизани попут Масламе ибн Мукхаллада ал-Ансарија наставили су да владају Египтом до Друге фитне .Током овог сукоба, успостављен је Зубајридски режим који је подржавао хариџите, непопуларан међу локалним Арапима.Омајадски калиф Марван И напао је Египат 684. године, поново успоставио контролу Омајада и именовао свог сина Абд ал-Азиза за гувернера, који је ефективно владао као вицекраљ 20 година.^[82]За време Омајада, гувернери као што су Абд ал-Малик ибн Рифа'а ал-Фахми и Ајуб ибн Шархабил, изабрани из локалне војне елите (џунд), спроводили су политику која је повећала притисак на Копте и покренула исламизацију.^[83] Ово је довело до неколико коптских побуна због повећаног опорезивања, од којих је најистакнутија била 725. Арапски је постао званични језик владе 706. године, што је допринело формирању египатског арапског.Период Омајада завршио се даљим побунама 739. и 750. године.Током периода Абасида , Египат је доживео нове порезе и даље коптске побуне.Одлука калифа ал-Му'тасима 834. да централизује власт и финансијску контролу довела је до значајних промена, укључујући замену локалних арапских трупа турским војницима.У 9. веку је муслиманско становништво превазишло коптске хришћане , а процеси арабизације и исламизације су се интензивирали.„Анархија у Самари“ у срцу Абасида олакшала је успон Алидских револуционарних покрета у Египту.^[84]Период Тулунида почео је 868. године када је Ахмад ибн Тулун именован за гувернера, што је означило помак ка политичкој независности Египта.Упркос унутрашњим борбама за власт, Ибн Тулун је успоставио де фацто независну владавину, акумулирајући значајно богатство и ширећи утицај на Левант.Његови наследници су се, међутим, суочили са унутрашњим сукобима и спољним претњама, што је довело до абасидског поновног освајања Египта 905. ^[85]Пост-тулунидски Египат је доживео наставак сукоба и успон утицајних личности попут турског команданта Мухамеда ибн Тугја ал-Икшида.Његова смрт 946. довела је до мирног наследства његовог сина Унујура и касније владавине Кафура.Међутим, Фатимидско освајање 969. године окончало је овај период, започевши нову еру египатске историје.^[86]