Крсташи су почели да напуштају Константинопољ крајем априла 1097. Годфри Бујонски је први стигао у Никеју, а за њим су били Боемонд од Таранта, Боемондов нећак Танкред, Рејмонд ИВ од Тулуза и Роберт ИИ Фландријан, заједно са Петром Пустињак и неки од преживелих из народног крсташког рата, и мала
византијска снага под Мануелом Бутумита.Стигли су 6. маја, без хране, али Боемонд је организовао да се храна донесе копном и морем.Они су ставили град у опсаду почевши од 14. маја, распоређујући своје снаге на различите делове зидина, који су били добро брањени са 200 кула.Боемонд је камповао на северној страни града, Годфри на јужној, а Рејмон и Адемар из Ле Пуја на источној капији.Дана 16. маја турски браниоци су кренули да нападну крсташе, али су
Турци поражени у окршају са губитком од 200 људи.Турци су Килију Арслану слали поруке у којима су га молили да се врати, а када је схватио снагу крсташа, брзо се вратио.Претходница је поражена од трупа Рејмонда и Роберта ИИ од Фландрије 20. маја, а 21. маја крсташка војска је поразила Килија у жестокој бици која је трајала дуго у ноћ.Губици су били велики на обе стране, али се султан на крају повукао упркос молбама никејских Турака.Остали крсташи су стигли до краја маја, а Роберт Куртоз и Стефан од Блоа су стигли почетком јуна.У међувремену, Рејмонд и Адхемар су направили велику опсадну машину, која је домотана до торња Гонатас како би се ангажовала са браниоцима на зидовима, док су рудари минирали кулу одоздо.Кула је оштећена, али даљег напретка није било.Византијски цар Алексије И одлучио је да не прати крсташе, већ је кренуо иза њих и направио свој логор у оближњем Пелекану.Одатле је послао чамце, преврнуте преко копна, да помогну крсташима да блокирају Асканско језеро, које су до сада Турци користили за снабдевање Никеје храном.Чамци су стигли 17. јуна, под командом Мануела Бутумитеса.Послат је и генерал Татикиос, са 2.000 пешака.Алексије је наложио Бутумцима да тајно преговарају о предаји града без знања крсташа.Татикију је наређено да се придружи крсташима и изврши директан напад на зидине, док би се Бутумити претварали да чине исто како би изгледало као да су Византинци заузели град у борби.То је учињено и 19. јуна Турци су се предали Бутумитима.Када су крсташи открили шта је Алексије урадио, били су прилично љути, јер су се надали да ће опљачкати град за новац и залихе.Бутумит је, међутим, добио име Дук оф Никеа и забранио је крсташима да улазе у групама већим од 10 људи одједном.Бутумит је такође протерао турске генерале, које је сматрао исто тако неповерљивим.Породица Килија Арслана отишла је у Цариград и на крају је ослобођена без откупа.Алексије је крсташима дао новац, коње и друге поклоне, али крсташи нису били задовољни тиме, верујући да су могли имати и више да су сами заузели Никеју.Бутумци им не би дозволили да оду све док се сви не закуну Алексију на вазалну заклетву, ако то још нису учинили у Цариграду.Као и у Цариграду, Танкред је прво одбио, али је на крају попустио.Крсташи су напустили Никеју 26. јуна у два контингента: Боемонд, Танкред, Роберт ИИ од Фландрије и Татикиос у претходници и Годфри, Балдуин од Булоња, Стефан и Хју од Вермандоа у позадини.Татикиос је добио инструкције да обезбеди повратак заробљених градова царству.Њихово расположење је било високо, а Стефан је писао својој жени Адели да очекују да ће бити у Јерусалиму за пет недеља.