Eduard I era acum eliberat de jena în străinătate și acasă și, după ce a făcut pregătirile pentru cucerirea finală a Scoției , și-a început invazia la mijlocul lunii mai 1303. Armata sa a fost aranjată în două divizii - una sub el și cealaltă sub conducerea lui. Prinț de Wales. Edward a înaintat în est, iar fiul său a intrat în Scoția prin vest, dar înaintarea lui a fost oprită în mai multe puncte de Wallace. Regele Edward a ajuns la Edinburgh în iunie, apoi a mărșăluit de Linlithgow și Stirling către Perth. Comyn, cu forța mică sub comanda sa, nu putea spera să învingă forțele lui Edward. Edward a rămas în Perth până în iulie, apoi a pornit, prin Dundee, Montrose și Brechin, spre Aberdeen, ajungând în august. De acolo, a mărșăluit prin Moray, înainte ca progresul său să continue spre Badenoch, înainte de a-și relua calea înapoi spre sud până la Dunfermline, unde a rămas iarna.
La începutul anului 1304, Edward a trimis un grup de raid în granițe, care a pus la fugă forțele sub Fraser și Wallace. Cu țara acum sub supunere, toți scoțienii de frunte s-au predat lui Edward în februarie, cu excepția lui Wallace, Fraser și Soulis, care se afla în Franța. Condițiile de supunere au fost negociate la 9 februarie de către John Comyn, care a refuzat să se predea necondiționat, dar a cerut ca prizonierii ambelor părți să fie eliberați prin răscumpărare și ca Edward să fie de acord că nu vor exista represalii sau dezmoștenire a scoțienilor.
Cu excepția lui William Wallace și John de Soulis, se părea că totul va fi iertat după ce unii dintre cei mai faimoși lideri au fost exilați din Scoția pentru diferite perioade. Moșiile confiscate puteau fi recuperate prin plata amenzilor percepute în sume considerate adecvate pentru trădarea fiecărui individ. Moștenirile vor continua ca întotdeauna, permițând nobilimii funciare să transmită titlurile și proprietățile în mod normal.
De Soulis a rămas în străinătate, refuzând să se predea. Wallace era încă în libertate în Scoția și, spre deosebire de toți nobilii și episcopii, a refuzat să-i aducă un omagiu lui Edward. Edward trebuia să dea un exemplu pentru cineva și, refuzând să capituleze și să accepte ocuparea și anexarea țării sale, Wallace a devenit centrul nefericit al urii lui Edward. Nu i se va acorda pace decât dacă s-ar pune în totalitate și absolut sub voința lui Edward. De asemenea, s-a decretat că James Stewart, de Soulis și Sir Ingram de Umfraville nu se pot întoarce până când Wallace a fost renunțat, iar Comyn, Alexander Lindsay, David Graham și Simon Fraser urmau să caute în mod activ capturarea acestuia.