1999 ਵਿੱਚ, ਪਾਕਿਸਤਾਨ ਨੇ ਜਨਰਲ ਪਰਵੇਜ਼ ਮੁਸ਼ੱਰਫ਼ ਦੀ ਅਗਵਾਈ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਖ਼ੂਨ-ਰਹਿਤ ਫ਼ੌਜੀ ਤਖ਼ਤਾ ਪਲਟ ਦਾ ਅਨੁਭਵ ਕੀਤਾ ਅਤੇ ਜੁਆਇੰਟ ਸਟਾਫ਼ ਹੈੱਡਕੁਆਰਟਰ ਵਿੱਚ ਮਿਲਟਰੀ ਸਟਾਫ਼ ਦੀ ਅਗਵਾਈ ਕੀਤੀ।12 ਅਕਤੂਬਰ ਨੂੰ, ਉਨ੍ਹਾਂ ਨੇ ਪ੍ਰਧਾਨ ਮੰਤਰੀ ਨਵਾਜ਼ ਸ਼ਰੀਫ ਦੀ ਨਾਗਰਿਕ ਸਰਕਾਰ ਤੋਂ ਕੰਟਰੋਲ ਖੋਹ ਲਿਆ।ਦੋ ਦਿਨ ਬਾਅਦ, ਮੁਸ਼ੱਰਫ, ਮੁੱਖ ਕਾਰਜਕਾਰੀ ਵਜੋਂ, ਵਿਵਾਦਪੂਰਨ ਤੌਰ 'ਤੇ ਪਾਕਿਸਤਾਨ ਦੇ ਸੰਵਿਧਾਨ ਨੂੰ ਮੁਅੱਤਲ ਕਰ ਦਿੱਤਾ।ਤਖਤਾਪਲਟ ਸ਼ਰੀਫ ਦੇ ਪ੍ਰਸ਼ਾਸਨ ਅਤੇ ਫੌਜ, ਖਾਸ ਤੌਰ 'ਤੇ ਜਨਰਲ ਮੁਸ਼ੱਰਫ ਦੇ ਵਿਚਕਾਰ ਤਣਾਅ ਨੂੰ ਵਧਾ ਕੇ ਚਲਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀ।ਮੁਸ਼ੱਰਫ ਦੀ ਥਾਂ ਲੈਫਟੀਨੈਂਟ-ਜਨਰਲ ਜ਼ਿਆਉਦੀਨ ਬੱਟ ਨੂੰ ਫੌਜ ਮੁਖੀ ਬਣਾਉਣ ਦੀ ਸ਼ਰੀਫ ਦੀ ਕੋਸ਼ਿਸ਼ ਨੂੰ ਸੀਨੀਅਰ ਫੌਜੀ ਅਧਿਕਾਰੀਆਂ ਦੇ ਵਿਰੋਧ ਦਾ ਸਾਹਮਣਾ ਕਰਨਾ ਪਿਆ ਅਤੇ ਬੱਟ ਨੂੰ ਹਿਰਾਸਤ ਵਿੱਚ ਲੈ ਲਿਆ ਗਿਆ।ਤਖਤਾਪਲਟ ਦਾ ਅਮਲ ਤੇਜ਼ ਸੀ।17 ਘੰਟਿਆਂ ਦੇ ਅੰਦਰ, ਫੌਜੀ ਕਮਾਂਡਰਾਂ ਨੇ ਪ੍ਰਮੁੱਖ ਸਰਕਾਰੀ ਅਦਾਰਿਆਂ 'ਤੇ ਕਬਜ਼ਾ ਕਰ ਲਿਆ ਸੀ, ਸ਼ਰੀਫ ਅਤੇ ਉਸ ਦੇ ਭਰਾ ਸਮੇਤ ਪ੍ਰਸ਼ਾਸਨ ਨੂੰ ਘਰ ਵਿੱਚ ਨਜ਼ਰਬੰਦ ਕਰ ਦਿੱਤਾ ਸੀ।ਫੌਜ ਨੇ ਨਾਜ਼ੁਕ ਸੰਚਾਰ ਬੁਨਿਆਦੀ ਢਾਂਚੇ ਨੂੰ ਵੀ ਕੰਟਰੋਲ ਕਰ ਲਿਆ।ਚੀਫ਼ ਜਸਟਿਸ ਇਰਸ਼ਾਦ ਹਸਨ ਖਾਨ ਦੀ ਅਗਵਾਈ ਵਾਲੀ ਪਾਕਿਸਤਾਨ ਦੀ ਸੁਪਰੀਮ ਕੋਰਟ ਨੇ "ਲੋੜ ਦੇ ਸਿਧਾਂਤ" ਦੇ ਤਹਿਤ ਮਾਰਸ਼ਲ ਲਾਅ ਨੂੰ ਪ੍ਰਮਾਣਿਤ ਕੀਤਾ, ਪਰ ਇਸਦੀ ਮਿਆਦ ਤਿੰਨ ਸਾਲਾਂ ਤੱਕ ਸੀਮਤ ਕਰ ਦਿੱਤੀ।ਸ਼ਰੀਫ ਨੂੰ ਮੁਸ਼ੱਰਫ ਨੂੰ ਲੈ ਕੇ ਜਾ ਰਹੇ ਇੱਕ ਜਹਾਜ਼ ਵਿੱਚ ਜਾਨਾਂ ਨੂੰ ਖ਼ਤਰੇ ਵਿੱਚ ਪਾਉਣ ਲਈ ਮੁਕੱਦਮਾ ਚਲਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀ ਅਤੇ ਦੋਸ਼ੀ ਠਹਿਰਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀ, ਇਸ ਫੈਸਲੇ ਨੇ ਵਿਵਾਦ ਪੈਦਾ ਕਰ ਦਿੱਤਾ ਸੀ।ਦਸੰਬਰ 2000 ਵਿੱਚ, ਮੁਸ਼ੱਰਫ਼ ਨੇ ਅਚਾਨਕ ਸ਼ਰੀਫ਼ ਨੂੰ ਮੁਆਫ਼ ਕਰ ਦਿੱਤਾ, ਜੋ ਫਿਰ ਸਾਊਦੀ ਅਰਬ ਚਲਾ ਗਿਆ।2001 ਵਿੱਚ ਰਾਸ਼ਟਰਪਤੀ ਰਫੀਕ ਤਰਾਰ ਨੂੰ ਅਸਤੀਫਾ ਦੇਣ ਲਈ ਮਜ਼ਬੂਰ ਕਰਨ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਮੁਸ਼ੱਰਫ ਰਾਸ਼ਟਰਪਤੀ ਬਣੇ।ਅਪ੍ਰੈਲ 2002 ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਰਾਸ਼ਟਰੀ ਜਨਮਤ ਸੰਗ੍ਰਹਿ, ਜਿਸਦੀ ਬਹੁਤ ਸਾਰੇ ਲੋਕਾਂ ਦੁਆਰਾ ਧੋਖੇਬਾਜ਼ ਵਜੋਂ ਆਲੋਚਨਾ ਕੀਤੀ ਗਈ, ਨੇ ਮੁਸ਼ੱਰਫ ਦੇ ਸ਼ਾਸਨ ਨੂੰ ਵਧਾ ਦਿੱਤਾ।2002 ਦੀਆਂ ਆਮ ਚੋਣਾਂ ਵਿੱਚ ਮੁਸ਼ੱਰਫ਼ ਦੀ ਪੀ.ਐੱਮ.ਐੱਲ.(ਕਿਊ.) ਨੇ ਘੱਟ-ਗਿਣਤੀ ਸਰਕਾਰ ਬਣਾਉਣ ਦੇ ਨਾਲ ਜਮਹੂਰੀਅਤ ਦੀ ਵਾਪਸੀ ਵੇਖੀ।