1511 ਵਿੱਚ, ਮਲਕਾ ਪੁਰਤਗਾਲੀਆਂ ਦੇ ਹੱਥਾਂ ਵਿੱਚ ਡਿੱਗ ਗਿਆ ਅਤੇ ਸੁਲਤਾਨ ਮਹਿਮੂਦ ਸ਼ਾਹ ਨੂੰ ਮਲਕਾ ਛੱਡਣ ਲਈ ਮਜਬੂਰ ਕੀਤਾ ਗਿਆ।ਸੁਲਤਾਨ ਨੇ ਰਾਜਧਾਨੀ ਨੂੰ ਮੁੜ ਹਾਸਲ ਕਰਨ ਲਈ ਕਈ ਕੋਸ਼ਿਸ਼ਾਂ ਕੀਤੀਆਂ ਪਰ ਉਸ ਦੀਆਂ ਕੋਸ਼ਿਸ਼ਾਂ ਬੇਕਾਰ ਰਹੀਆਂ।ਪੁਰਤਗਾਲੀਆਂ ਨੇ ਬਦਲਾ ਲਿਆ ਅਤੇ ਸੁਲਤਾਨ ਨੂੰ ਪਹਾਂਗ ਭੱਜਣ ਲਈ ਮਜਬੂਰ ਕਰ ਦਿੱਤਾ।ਬਾਅਦ ਵਿੱਚ, ਸੁਲਤਾਨ ਨੇ ਬਿਨਟਾਨ ਨੂੰ ਰਵਾਨਾ ਕੀਤਾ ਅਤੇ ਉੱਥੇ ਇੱਕ ਨਵੀਂ ਰਾਜਧਾਨੀ ਸਥਾਪਿਤ ਕੀਤੀ।ਬੇਸ ਸਥਾਪਿਤ ਹੋਣ ਦੇ ਨਾਲ, ਸੁਲਤਾਨ ਨੇ ਅਸ਼ਾਂਤ ਮਲੇਈ ਫੌਜਾਂ ਨੂੰ ਇਕੱਠਾ ਕੀਤਾ ਅਤੇ ਪੁਰਤਗਾਲੀ ਸਥਿਤੀ ਦੇ ਵਿਰੁੱਧ ਕਈ ਹਮਲੇ ਅਤੇ ਨਾਕਾਬੰਦੀਆਂ ਦਾ ਆਯੋਜਨ ਕੀਤਾ।ਪੇਕਨ ਤੁਆ, ਸੁੰਗਈ ਤੇਲੂਰ, ਜੋਹੋਰ ਵਿਖੇ ਅਧਾਰਤ, ਜੋਹਰ ਸਲਤਨਤ ਦੀ ਸਥਾਪਨਾ ਰਾਜਾ ਅਲੀ ਇਬਨੀ ਸੁਲਤਾਨ ਮਹਿਮੂਦ ਮੇਲਾਕਾ ਦੁਆਰਾ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ, ਜਿਸਨੂੰ ਸੁਲਤਾਨ ਅਲਾਉਦੀਨ ਰਿਆਤ ਸ਼ਾਹ II (1528–1564) ਵਜੋਂ ਜਾਣਿਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ, 1528 ਵਿੱਚ ^{[। 53]} ਹਾਲਾਂਕਿ ਸੁਲਤਾਨ ਅਲਾਉਦੀਨ ਰਿਆਤ ਸ਼ਾਹ ਅਤੇ ਉਸਦੇ ਉੱਤਰਾਧਿਕਾਰੀ ਮਲਕਾ ਵਿੱਚ ਪੁਰਤਗਾਲੀ ਅਤੇ ਸੁਮਾਤਰਾ ਵਿੱਚ ਅਚੇਨੀਜ਼ ਦੁਆਰਾ ਹਮਲਿਆਂ ਦਾ ਸਾਹਮਣਾ ਕਰਨਾ ਪਿਆ, ਉਹ ਜੋਹਰ ਸਲਤਨਤ ਉੱਤੇ ਆਪਣੀ ਪਕੜ ਬਣਾਈ ਰੱਖਣ ਵਿੱਚ ਕਾਮਯਾਬ ਰਹੇ।ਮਲਕਾ ਉੱਤੇ ਲਗਾਤਾਰ ਛਾਪੇਮਾਰੀ ਪੁਰਤਗਾਲੀਆਂ ਨੂੰ ਬਹੁਤ ਮੁਸ਼ਕਲਾਂ ਦਾ ਕਾਰਨ ਬਣ ਗਈ ਅਤੇ ਇਸਨੇ ਪੁਰਤਗਾਲੀਆਂ ਨੂੰ ਜਲਾਵਤਨ ਸੁਲਤਾਨ ਦੀਆਂ ਫ਼ੌਜਾਂ ਨੂੰ ਨਸ਼ਟ ਕਰਨ ਲਈ ਮਨਾਉਣ ਵਿੱਚ ਮਦਦ ਕੀਤੀ।ਮਲਯ ਨੂੰ ਦਬਾਉਣ ਦੀਆਂ ਕਈ ਕੋਸ਼ਿਸ਼ਾਂ ਕੀਤੀਆਂ ਗਈਆਂ ਪਰ 1526 ਤੱਕ ਪੁਰਤਗਾਲੀਆਂ ਨੇ ਆਖਰਕਾਰ ਬਿਨਟਨ ਨੂੰ ਜ਼ਮੀਨ 'ਤੇ ਢਾਹ ਦਿੱਤਾ।ਸੁਲਤਾਨ ਫਿਰ ਸੁਮਾਤਰਾ ਵਿੱਚ ਕਮਪਰ ਵਾਪਸ ਚਲਾ ਗਿਆ ਅਤੇ ਦੋ ਸਾਲ ਬਾਅਦ ਉਸਦੀ ਮੌਤ ਹੋ ਗਈ।ਉਹ ਆਪਣੇ ਪਿੱਛੇ ਦੋ ਪੁੱਤਰ ਮੁਜ਼ੱਫਰ ਸ਼ਾਹ ਅਤੇ ਅਲਾਉਦੀਨ ਰਿਆਤ ਸ਼ਾਹ ਦੂਜੇ ਨੂੰ ਛੱਡ ਗਿਆ।^[53] ਮੁਜ਼ੱਫਰ ਸ਼ਾਹ ਨੇ ਪੇਰਕ ਦੀ ਸਥਾਪਨਾ ਜਾਰੀ ਰੱਖੀ ਜਦੋਂ ਕਿ ਅਲਾਉਦੀਨ ਰਿਆਤ ਸ਼ਾਹ ਜੋਹਰ ਦਾ ਪਹਿਲਾ ਸੁਲਤਾਨ ਬਣਿਆ।^[53]