ਕੈਨੇਡੀ ਪ੍ਰਸ਼ਾਸਨ ਨੇ ਕਿਊਬਾ ਦੀ ਸਰਕਾਰ ਦਾ ਤਖਤਾ ਪਲਟਣ ਲਈ ਗੁਪਤ ਤਰੀਕੇ ਨਾਲ ਸਹੂਲਤ ਦੇਣ ਦੇ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਤਰੀਕਿਆਂ ਨਾਲ ਪ੍ਰਯੋਗ ਕਰਦੇ ਹੋਏ, ਬੇਅ ਆਫ਼ ਪਿਗਜ਼ ਇਨਵੈਸ਼ਨ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਕਾਸਤਰੋ ਨੂੰ ਬੇਦਖਲ ਕਰਨ ਦੇ ਤਰੀਕਿਆਂ ਦੀ ਭਾਲ ਜਾਰੀ ਰੱਖੀ।1961 ਵਿੱਚ ਕੈਨੇਡੀ ਪ੍ਰਸ਼ਾਸਨ ਦੇ ਅਧੀਨ ਤਿਆਰ ਕੀਤੇ ਗਏ ਆਪ੍ਰੇਸ਼ਨ ਮੋਂਗੂਜ਼ ਵਜੋਂ ਜਾਣੇ ਜਾਂਦੇ ਅੱਤਵਾਦੀ ਹਮਲਿਆਂ ਅਤੇ ਹੋਰ ਅਸਥਿਰਤਾ ਕਾਰਜਾਂ ਦੇ ਪ੍ਰੋਗਰਾਮ 'ਤੇ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਉਮੀਦਾਂ ਲਗਾਈਆਂ ਗਈਆਂ ਸਨ। ਖਰੁਸ਼ਚੇਵ ਨੂੰ ਫਰਵਰੀ 1962 ਵਿੱਚ ਇਸ ਪ੍ਰੋਜੈਕਟ ਬਾਰੇ ਪਤਾ ਲੱਗਾ, ਅਤੇ ਜਵਾਬ ਵਿੱਚ ਕਿਊਬਾ ਵਿੱਚ ਸੋਵੀਅਤ ਪਰਮਾਣੂ ਮਿਜ਼ਾਈਲਾਂ ਨੂੰ ਸਥਾਪਿਤ ਕਰਨ ਦੀਆਂ ਤਿਆਰੀਆਂ ਕੀਤੀਆਂ ਗਈਆਂ।ਚਿੰਤਾਜਨਕ, ਕੈਨੇਡੀ ਨੇ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਪ੍ਰਤੀਕਰਮਾਂ 'ਤੇ ਵਿਚਾਰ ਕੀਤਾ।ਉਸਨੇ ਆਖਰਕਾਰ ਕਿਊਬਾ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਸਮੁੰਦਰੀ ਨਾਕਾਬੰਦੀ ਦੇ ਨਾਲ ਪ੍ਰਮਾਣੂ ਮਿਜ਼ਾਈਲਾਂ ਦੀ ਸਥਾਪਨਾ ਦਾ ਜਵਾਬ ਦਿੱਤਾ, ਅਤੇ ਉਸਨੇ ਸੋਵੀਅਤ ਯੂਨੀਅਨ ਨੂੰ ਇੱਕ ਅਲਟੀਮੇਟਮ ਪੇਸ਼ ਕੀਤਾ।ਖਰੁਸ਼ਚੇਵ ਇੱਕ ਟਕਰਾਅ ਤੋਂ ਪਿੱਛੇ ਹਟ ਗਿਆ, ਅਤੇ ਸੋਵੀਅਤ ਯੂਨੀਅਨ ਨੇ ਕਿਊਬਾ 'ਤੇ ਦੁਬਾਰਾ ਹਮਲਾ ਨਾ ਕਰਨ ਦੇ ਜਨਤਕ ਅਮਰੀਕੀ ਵਾਅਦੇ ਦੇ ਨਾਲ-ਨਾਲ ਤੁਰਕੀ ਤੋਂ ਅਮਰੀਕੀ ਮਿਜ਼ਾਈਲਾਂ ਨੂੰ ਹਟਾਉਣ ਲਈ ਇੱਕ ਗੁਪਤ ਸੌਦੇ ਦੇ ਬਦਲੇ ਮਿਜ਼ਾਈਲਾਂ ਨੂੰ ਹਟਾ ਦਿੱਤਾ।ਕਾਸਤਰੋ ਨੇ ਬਾਅਦ ਵਿੱਚ ਮੰਨਿਆ ਕਿ "ਮੈਂ ਪਰਮਾਣੂ ਹਥਿਆਰਾਂ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਲਈ ਸਹਿਮਤ ਹੋਵਾਂਗਾ। ... ਅਸੀਂ ਇਹ ਮੰਨ ਲਿਆ ਕਿ ਇਹ ਕਿਸੇ ਵੀ ਤਰ੍ਹਾਂ ਪ੍ਰਮਾਣੂ ਯੁੱਧ ਬਣ ਜਾਵੇਗਾ, ਅਤੇ ਅਸੀਂ ਅਲੋਪ ਹੋ ਜਾ ਰਹੇ ਹਾਂ।"ਕਿਊਬਨ ਮਿਜ਼ਾਈਲ ਸੰਕਟ (ਅਕਤੂਬਰ-ਨਵੰਬਰ 1962) ਨੇ ਦੁਨੀਆ ਨੂੰ ਪਹਿਲਾਂ ਨਾਲੋਂ ਪ੍ਰਮਾਣੂ ਯੁੱਧ ਦੇ ਨੇੜੇ ਲਿਆਇਆ।ਸੰਕਟ ਦੇ ਬਾਅਦ ਪਰਮਾਣੂ ਹਥਿਆਰਾਂ ਦੀ ਦੌੜ ਵਿੱਚ ਪ੍ਰਮਾਣੂ ਨਿਸ਼ਸਤਰੀਕਰਨ ਅਤੇ ਸਬੰਧਾਂ ਵਿੱਚ ਸੁਧਾਰ ਲਈ ਪਹਿਲੇ ਯਤਨਾਂ ਦੀ ਅਗਵਾਈ ਕੀਤੀ, ਹਾਲਾਂਕਿ ਸ਼ੀਤ ਯੁੱਧ ਦਾ ਪਹਿਲਾ ਹਥਿਆਰ ਨਿਯੰਤਰਣ ਸਮਝੌਤਾ, ਅੰਟਾਰਕਟਿਕ ਸੰਧੀ, 1961 ਵਿੱਚ ਲਾਗੂ ਹੋ ਗਿਆ ਸੀ।1964 ਵਿੱਚ, ਖਰੁਸ਼ਚੇਵ ਦੇ ਕ੍ਰੇਮਲਿਨ ਦੇ ਸਾਥੀਆਂ ਨੇ ਉਸਨੂੰ ਬੇਦਖਲ ਕਰਨ ਵਿੱਚ ਕਾਮਯਾਬ ਹੋ ਗਏ, ਪਰ ਉਸਨੂੰ ਸ਼ਾਂਤੀਪੂਰਵਕ ਸੇਵਾਮੁਕਤੀ ਦੀ ਇਜਾਜ਼ਤ ਦਿੱਤੀ।ਬੇਰਹਿਮੀ ਅਤੇ ਅਯੋਗਤਾ ਦੇ ਦੋਸ਼ੀ, ਜੌਨ ਲੇਵਿਸ ਗਡਿਸ ਨੇ ਦਲੀਲ ਦਿੱਤੀ ਕਿ ਖਰੁਸ਼ਚੇਵ ਨੂੰ ਸੋਵੀਅਤ ਖੇਤੀਬਾੜੀ ਨੂੰ ਬਰਬਾਦ ਕਰਨ, ਵਿਸ਼ਵ ਨੂੰ ਪ੍ਰਮਾਣੂ ਯੁੱਧ ਦੇ ਕੰਢੇ 'ਤੇ ਲਿਆਉਣ ਦਾ ਸਿਹਰਾ ਵੀ ਦਿੱਤਾ ਗਿਆ ਸੀ ਅਤੇ ਜਦੋਂ ਉਸਨੇ ਬਰਲਿਨ ਦੀਵਾਰ ਦੇ ਨਿਰਮਾਣ ਨੂੰ ਅਧਿਕਾਰਤ ਕੀਤਾ ਸੀ ਤਾਂ ਖਰੁਸ਼ਚੇਵ 'ਅੰਤਰਰਾਸ਼ਟਰੀ ਸ਼ਰਮ' ਬਣ ਗਿਆ ਸੀ।