ਮਾਈਕਲ IX ਪਲਾਇਓਲੋਗੋਸ 1294 ਤੋਂ ਆਪਣੀ ਮੌਤ ਤੱਕ ਆਪਣੇ ਪਿਤਾ ਐਂਡਰੋਨਿਕੋਸ II ਪਾਲੀਓਲੋਗੋਸ ਦੇ ਨਾਲ ਬਿਜ਼ੰਤੀਨੀ ਸਮਰਾਟ ਸੀ।ਐਂਡਰੋਨਿਕੋਸ II ਅਤੇ ਮਾਈਕਲ IX ਨੇ ਬਰਾਬਰ ਦੇ ਸਹਿ-ਸ਼ਾਸਕਾਂ ਵਜੋਂ ਸ਼ਾਸਨ ਕੀਤਾ, ਦੋਵੇਂ ਸਿਰਲੇਖ ਆਟੋਕ੍ਰੇਟਰ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ।ਆਪਣੀ ਫੌਜੀ ਵੱਕਾਰ ਦੇ ਬਾਵਜੂਦ, ਉਸਨੂੰ ਅਸਪਸ਼ਟ ਕਾਰਨਾਂ ਕਰਕੇ ਕਈ ਹਾਰਾਂ ਦਾ ਸਾਹਮਣਾ ਕਰਨਾ ਪਿਆ: ਇੱਕ ਕਮਾਂਡਰ ਵਜੋਂ ਉਸਦੀ ਅਸਮਰੱਥਾ, ਬਿਜ਼ੰਤੀਨੀ ਫੌਜ ਦੀ ਦੁਖਦਾਈ ਸਥਿਤੀ ਜਾਂ ਸਿਰਫ ਮਾੜੀ ਕਿਸਮਤ।ਆਪਣੇ ਪਿਤਾ ਤੋਂ ਪਹਿਲਾਂ ਦਾ ਇਕਲੌਤਾ ਪਾਲੀਓਲੋਗਨ ਸਮਰਾਟ, 43 ਸਾਲ ਦੀ ਉਮਰ ਵਿੱਚ ਉਸਦੀ ਅਚਨਚੇਤੀ ਮੌਤ ਦਾ ਕਾਰਨ ਉਸਦੇ ਵੱਡੇ ਪੁੱਤਰ ਅਤੇ ਬਾਅਦ ਵਿੱਚ ਸਹਿ-ਸਮਰਾਟ ਐਂਡਰੋਨਿਕੋਸ III ਪਾਲੀਓਲੋਗੋਸ ਦੇ ਰੱਖਿਅਕਾਂ ਦੁਆਰਾ ਉਸਦੇ ਛੋਟੇ ਪੁੱਤਰ ਮੈਨੁਅਲ ਪਾਲੀਓਲੋਗੋਸ ਦੀ ਦੁਰਘਟਨਾ ਵਿੱਚ ਹੋਈ ਹੱਤਿਆ ਦੇ ਸੋਗ ਦੇ ਹਿੱਸੇ ਵਜੋਂ ਮੰਨਿਆ ਗਿਆ ਸੀ।