Burmeserne , ledet av kong Bayinnaung, erobret Chiang Mai, og innledet et 200-årig burmesisk styre over Lan Na.Det oppsto konflikt over Shan-statene, med Bayinnaungs ekspansjonistiske ambisjoner som førte til en invasjon av Lan Na fra nord.I 1558 overga Mekuti, Lan Na-herskeren, seg til burmeserne 2. april 1558. ^[17]Under den burmesisk- siamesiske krigen (1563–64) gjorde Mekuti opprør med oppmuntring fra Setthathirath.Imidlertid ble han tatt til fange av burmesiske styrker i 1564 og ført til Pegu, den gang den burmesiske hovedstaden.Bayinnaung utnevnte Wisutthithewi, en konge fra Lan Na, til dronningen av Lan Na etter Mekutis død.Senere, i 1579, ble en av Bayinnaungs sønner, Nawrahta Minsaw, ^[18] visekonge til Lan Na.Mens Lan Na nøt litt autonomi, kontrollerte burmeserne arbeid og skattlegging.Etter Bayinnaungs æra gikk imperiet hans i oppløsning.Siam gjorde opprør (1584–93), noe som førte til oppløsningen av Pegus vasaller innen 1596–1597.Lan Na, under Nawrahta Minsaw, erklærte uavhengighet i 1596 og ble kort tid en sideelv til Siams kong Naresuan i 1602. Siams autoritet avtok imidlertid etter Naresuans død i 1605, og i 1614 hadde den nominell kontroll over Lan Na.Lan Na søkte hjelp fra Lan Xang i stedet for Siam da burmeserne kom tilbake.^[19] I over et århundre etter 1614 styrte vasallkonger av burmesisk avstamning Lan Na, til tross for Siams forsøk på å hevde kontroll i 1662–1664, som til slutt mislyktes.