Huayna Capac dør, muligens av kopper (en epidemi hadde revet gjennom den nye verden umiddelbart etter at den ble introdusert av spanjolene).Katastrofalisk hadde Huayna Capac unnlatt å navngi en arving før hans død.Den påfølgende maktkampen mellom hans to sønner, Huáscar og Atahualpa, fører til slutt til en borgerkrig.Huascar overtar tronen støttet av adelen i Cusco.I mellomtiden blir Atahualpa, som ble ansett som en mer dyktig administrator og kriger, kronet til Sapa Inca i Quito.Det er ukjent hvor mange inkaer som ble drept eller døde under borgerkrigen.Den estimerte befolkningen i Inkariket før en epidemi (sannsynligvis av en europeisk sykdom) og den spanske erobringen er anslått til mellom 6 og 14 millioner mennesker.Borgerkrigen, en epidemi og den spanske erobringen resulterte i en befolkningsnedgang over flere tiår anslått til 20:1 eller 25:1, noe som betyr at befolkningen gikk ned med 95 prosent.