Tupac Inca døde rundt 1493 i Chincheros, og etterlot seg to legitime sønner og 90 uekte sønner og døtre.Han ble etterfulgt av Huayna Capac I sør fortsatte Huayna Capac utvidelsen av Inkariket inn i dagens Chile og Argentina og forsøkte å annektere territorier mot nord i det som nå er Ecuador og det sørlige Colombia.Som Sapa Inca bygde han også astronomiske observatorier i Ecuador som Ingapirca.Wayna Qhapaq håpet å etablere en nordlig høyborg i byen Tumebamba, Ecuador, der Cañari-folket bodde.Ruinene av inkabyen Pumpu.Wayna Qhapaq pleide å tilbringe tid med å slappe av i den nærliggende innsjøen Chinchay Cocha, forbundet med byen med en elv.I Ecuador, tidligere kjent som kongeriket Quito, absorberte Wayna Qhapaq Quito-konføderasjonen i Inkariket etter å ha giftet seg med Quito-dronningen Paccha Duchicela Shyris XVI for å stoppe en langvarig krig.Fra dette ekteskapet ble Atawallpa født (1502 e.Kr.) i Caranqui, Ecuador.Wayna Qhapaq døde i 1524. Da Wayna kom tilbake til Quito hadde han allerede pådratt seg feber mens han holdt kampanje i dagens Colombia (selv om noen historikere bestrider dette), sannsynligvis et resultat av introduksjonen av europeiske sykdommer som meslinger eller kopper