I 1988 ble demokratiet gjenopprettet i Pakistan med stortingsvalg etter president Zia-ul-Haqs død.Disse valget førte til at Pakistan Peoples Party (PPP) kom tilbake til makten, med Benazir Bhutto som ble den første kvinnelige statsministeren i Pakistan og den første kvinnelige regjeringssjefen i et land med muslimsk majoritet.Denne perioden, som varte til 1999, var preget av et konkurransedyktig topartisystem, med sentrum-høyre-konservative ledet av Nawaz Sharif og sentrum-venstre-sosialistene under Benazir Bhutto.I løpet av sin periode styrte Bhutto Pakistan gjennom sluttfasen av den kalde krigen , og opprettholdt pro-vestlig politikk på grunn av en delt mistillit til kommunismen.Regjeringen hennes var vitne til den sovjetiske troppens tilbaketrekning fra Afghanistan .Oppdagelsen av Pakistans atombombeprosjekt førte imidlertid til anstrengte forhold til USA og innføring av økonomiske sanksjoner.Bhuttos regjering sto også overfor utfordringer i Afghanistan, med en mislykket militær intervensjon som førte til oppsigelse av direktører for etterretningstjenesten.Til tross for forsøk på å revitalisere økonomien, inkludert den syvende femårsplanen, opplevde Pakistan stagflasjon, og Bhuttos regjering ble til slutt avskjediget av den konservative presidenten Ghulam Ishaq Khan.