I 1958 endte Pakistans parlamentariske system med innføringen av krigslov.Offentlig desillusjon med korrupsjon i det sivile byråkratiet og administrasjonen førte til støtte for general Ayub Khans handlinger.^[16] Militærregjeringen gjennomførte betydelige landreformer og håndhevet Disqualification Order for valgbare organer, og utestengt HS Suhrawardy fra offentlige verv.Khan introduserte "Basic Democracy", et nytt presidentsystem der et valgkollegium på 80 000 valgte presidenten, og kunngjorde grunnloven fra 1962.^[17] I 1960 vant Ayub Khan folkelig støtte i en nasjonal folkeavstemning, og gikk over fra en militær til en konstitusjonell sivil regjering.^[16]Betydelig utvikling under Ayub Khans presidentskap inkluderte flytting av hovedstadens infrastruktur fra Karachi til Islamabad.Denne epoken, kjent som "det store tiåret", feires for sin økonomiske utvikling og kulturelle endringer, ^[18] inkludert fremveksten av popmusikk-, film- og dramaindustrien.Ayub Khan stilte Pakistan på linje med USA og den vestlige verden, og sluttet seg til Central Treaty Organization (CENTO) og Sørøst-Asia Treaty Organization (SEATO).Den private sektoren vokste, og landet gjorde fremskritt innen utdanning, menneskelig utvikling og vitenskap, inkludert lansering av et romprogram og videreføring av kjernekraftprogrammet.^[18]U2-spionflyhendelsen i 1960 avslørte imidlertid hemmelige amerikanske operasjoner fra Pakistan, og kompromitterte nasjonal sikkerhet.Samme år signerte Pakistan Indus Waters-traktaten med India for å normalisere forholdet.^[19] Forholdet til Kina styrket seg, spesielt etter den kinesisk-indiske krigen, noe som førte til en grenseavtale i 1963 som endret dynamikken i den kalde krigen .I 1964 undertrykte de pakistanske væpnede styrkene et mistenkt pro-kommunistisk opprør i Vest-Pakistan, og i 1965 vant Ayub Khan knepent det kontroversielle presidentvalget mot Fatima Jinnah.