I 1947 dukket Pakistan opp som en ny nasjon med Liaquat Ali Khan som sin første statsminister og Muhammad Ali Jinnah som generalguvernør og parlamentspresident.Jinnah, som avviste Lord Mountbattens tilbud om å bli generalguvernør for både India og Pakistan, ledet landet til hans død i 1948. Under hans ledelse tok Pakistan skritt mot å bli en islamsk stat, særlig med innføringen av målresolusjonen av statsministeren. Khan i 1949, og understreket Allahs suverenitet.Målresolusjonen erklærte at suvereniteten over hele universet tilhører Allah den allmektige.^[5]De første årene av Pakistan så også betydelig migrasjon fra India, spesielt til Karachi, ^[6] den første hovedstaden.For å styrke Pakistans finansielle infrastruktur implementerte hans finanssekretær Victor Turner landets første pengepolitikk.Dette inkluderte etablering av nøkkelinstitusjoner som statsbanken, Federal Bureau of Statistics og Federal Board of Revenue, med sikte på å styrke nasjonens evner innen finans, skatt og inntektsinnsamling.^[7] Pakistan møtte imidlertid betydelige problemer med India.I april 1948 kuttet India vannforsyningen til Pakistan fra to kanalanlegg i Punjab, noe som forverret spenningen mellom de to landene.I tillegg holdt India opprinnelig tilbake Pakistans andel av eiendeler og midler fra United India.Disse eiendelene ble til slutt frigitt under press fra Mahatma Gandhi.^[8] Territorielle problemer oppsto med nabolandet Afghanistan over grensen mellom Pakistan og Afghanistan i 1949, og med India over kontrolllinjen i Kashmir.^[9]Landet søkte også internasjonal anerkjennelse, med Iran som det første som anerkjente det, men møtte innledende motvilje fra Sovjetunionen og Israel .Pakistan forfulgte aktivt lederskap i den muslimske verden, med sikte på å forene muslimske land.Denne ambisjonen møtte imidlertid skepsis internasjonalt og blant noen arabiske nasjoner.Pakistan støttet også ulike uavhengighetsbevegelser i den muslimske verden.Innenlands ble språkpolitikk et omstridt spørsmål, med Jinnah som erklærte urdu som statsspråket, noe som førte til spenninger i Øst-Bengal.Etter Jinnahs død i 1948, ble Sir Khawaja Nazimuddin generalguvernør, og fortsatte nasjonsbyggingsarbeidet i Pakistans formasjonsår.