Mens interregnumet som fulgte det hedenske imperiets fall varte i over 250 år (1287–1555), var det etter First Taungoos fall relativt kortvarig.En av Bayinnaungs sønner, Nyaungyan Min, begynte umiddelbart gjenforeningsinnsatsen, og gjenopprettet sentral autoritet over Øvre Burma og nærmere Shan-stater innen 1606. Hans etterfølger Anaukpetlun beseiret portugiserne ved Thanlyin i 1613. Han gjenopprettet den øvre Tanintharyi-kysten til Dawei og Lan Na fra siameserne innen 1614. Han fanget også de trans-Salween Shan-statene (Kengtung og Sipsongpanna) i 1622–26.Broren Thalun gjenoppbygget det krigsherjede landet.Han bestilte den første folketellingen noensinne i burmesisk historie i 1635, som viste at kongeriket hadde rundt to millioner mennesker.I 1650 hadde de tre dyktige kongene - Nyaungyan, Anaukpetlun og Thalun - vellykket gjenoppbygd et mindre, men langt mer håndterbart rike.Enda viktigere, det nye dynastiet fortsatte med å skape et juridisk og politisk system hvis grunnleggende funksjoner ville fortsette under Konbaung-dynastiet langt inn på 1800-tallet.Kronen erstattet fullstendig de arvelige høvdingemakterene med utnevnte guvernørskap i hele Irrawaddy-dalen, og reduserte i stor grad de arvelige rettighetene til Shan-høvdingene.Det begrenset også den kontinuerlige veksten av klosterrikdom og autonomi, og ga et større skattegrunnlag.Handels- og sekulære administrative reformer bygde en velstående økonomi i mer enn 80 år.^[55] Bortsett fra noen få sporadiske opprør og en ekstern krig – Burma beseiret Siams forsøk på å ta Lan Na og Mottama i 1662–64 – var kongeriket stort sett i fred resten av 1600-tallet.Riket gikk inn i en gradvis nedgang, og "palasskongenes" autoritet ble raskt dårligere på 1720-tallet.Fra 1724 og utover begynte Meitei-folket å angripe den øvre Chindwin-elven.I 1727 gjorde sørlige Lan Na (Chiang Mai) vellykket opprør, og etterlot like nordlige Lan Na (Chiang Saen) under et stadig mer nominelt burmesisk styre.Meitei-angrep intensiverte på 1730-tallet og nådde stadig dypere deler av det sentrale Burma.I 1740 begynte Mon i Nedre Burma et opprør, og grunnla det gjenopprettede Hanthawaddy-riket, og kontrollerte i 1745 store deler av Nedre Burma.Siameserne flyttet også sin autoritet oppover Tanintharyi-kysten innen 1752. Hanthawaddy invaderte Øvre Burma i november 1751, og fanget Ava 23. mars 1752, og avsluttet det 266 år gamle Taungoo-dynastiet.